已命令遊船靠岸。李淵上岸，便問裴寂說：
“沒想到今天發生這樣的事，事後如何處理？”
蕭瑀、陳叔達齊聲說：
“自起義以來，李建成和李元吉沒有為舉兵反隋貢獻智慧謀略，也沒有為建立大唐天下立下戰功，反而一個立為太子，一個封為齊王。
他們沒有戰功賢德，還嫉妒秦王功勞大，威望高，便一起策劃謀殺秦王。
他倆一直隻是在離間骨肉，製造兄弟間的災禍。
隻有秦王功蓋天下，內外歸心，賢德仁義人人稱頌。
陛下如果決定把秦王立為太子，把國家大事托付給他，就不會再生事端了。
這樣陛下可以不費心神地安享太平。”
李淵聽了由震驚悲傷轉為喜悅說：
“好！這正是我的心願啊！”
尉遲敬德說：
“陛下既願立秦王，現在皇宮禁衛軍、秦王府、東宮，齊王府多支軍隊發生交戰還沒徹底停止，請陛下頒布親筆敕令，令各軍一律接受秦王統一指揮。”
李淵看了一眼宇文士及說：
“你去擬寫詔令，待朕回朝廷發布。”
宇文士及領命而去。
李淵帶著嬪妃，乘步輦進入宮殿。
尉遲敬德、裴寂，到朝堂候旨。
李淵上朝，命宇文士及宣布詔敕，安定眾心。
又派黃門侍郎裴矩，去東宮太子府說知李建成屬下將士，讓他們全部罷職解散。
隨後李淵對尉遲敬德說：
“你去把秦王叫來！”
尉遲敬德飛奔而去。
這時是盛夏酷暑，李淵解開衣襟納涼，忽見李世民走進來，趴在地上請罪。
李謝撫慰他說：
“近些日子以來，種種疑惑、各種流言齊出，我也不能判斷，如今建成元吉膽敢作亂，死了還有餘罪。
不過關乎親生骨肉，發生了這樣的事端，我心裏又痛恨又悲傷難過啊。”
李民抬起頭看著李淵，一下撲到他懷裏，眼淚撲簌簌往下落。
李世民的淚水浸濕了李淵前胸，李淵也忍不住留下眼淚。
李世民望見父親老淚橫流，也越發悲傷，趴在父親懷裏放聲號淘大哭。
他們父子正在哭泣，宇文士及、裴矩入宮複旨，忍不住上前勸慰一番。
李世民告別李淵，返回秦王府。
秦王府的人，都對李世民說：
“斬草不除根，早晚成後患。建成元吉，各有多個孩子，應該一律搜捕誅殺，才能避免留下今後無盡的禍亂。”
李世民也不禁止，任聽屬下去做。
於是李建成的兒子李承道、李承德、李承訓,李承明、李承義。
李元吉的兒子李承業、李承鸞、李承獎、李承格。李承度。
他們全被抓住，一並處死。
秦王府的僚屬，又商量搜捕東宮餘黨，列出名單有一百多人，李世民也不加禁止。
尉遲敬德極力勸阻說：
“謀逆犯罪的隻有李建成、李元吉兩個人，如今已被殺，不應該再追查他的下屬。
如果牽連眾多，恐怕要激發新的禍亂，如何求得從此安定？”
於是李世民請求李淵下詔大赦。
李淵頒發赦文說：
凶逆大罪，隻有李建成、李元吉兩個人。他們的下屬一律不問罪。
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