權萬紀多次勸說李祐別不幹正事，李祐不聽。
權萬紀怕自己對李祐管束不力，這樣下去會被李世民問罪，就寫了奏章，向李世民匯報了李祐種種過錯，受到李世民嘉獎。
李世民寫了手詔，痛切地斥責李祐。李祐受到父皇斥責，不勝憤恨。
李祐憤怒地說：
“權萬紀老匹夫出賣我！
他受了皇帝獎賞，我受了父皇責罵！
我早晚要殺死權萬紀！”
他兩人關係越來越惡劣，漸漸水火不容。
為了完成李世民要他管住李祐的任務，權萬紀對李祐管得越來越嚴，李祐的反抗越來越激烈。
李祐指派紇幹承基刺殺權萬紀，紇幹承基趁黑夜進入權宅，他還沒下手，就被權萬紀府上的仆人發現，仆人一聲喊：
“有刺客！抓刺客啊！”
多位仆人應聲持刀撲向紇幹承基。
紇幹承基一看沒有勝算，隻得翻牆逃走。
失手沒殺成，實施暗殺這事還從此敗露。
權萬紀將李祐雇殺手謀殺他的事上報朝廷，李世民大怒，派刑部尚書劉德威趕往齊州徹查。
李祐見事情敗露被查，越發驚慌失措，幹脆領二十名騎兵，用弓箭射殺權萬紀，並將他切割肢解成好多塊，胡亂掩埋了事。
李祐除了自首認罪，隻剩造反一條路。
643年3月,李祐在舅舅陰弘智鼓動下，起兵造反。
李世民得知李祐已經造反，極為痛心地大罵李祐：
“這個混賬東西！他活著是個賊臣，死了是個逆鬼！”
當即派李世績領兵平叛。
天下穩定，百姓富裕，願意跟李祐造反的人並不多。
李祐倉促組織的人馬，也都是拿錢辦事，貪圖當時好吃好喝的人。
他們聽說李世績領官府大軍到來，意識到混吃混喝是以掉腦袋為代價的，又都四散奔逃。
任憑李祐怎麽喊也喊不住，除了少數死黨還跟著他，其它的一哄而散，都跑沒影兒了。
3月30日，李祐身邊隻剩燕弘信等五個人，他們被齊州兵曹杜行敏領兵堵在一間破屋裏，拿著弓往外射箭，繼續頑抗。
杜行敏向破屋內喊話：
“齊王快投降吧，你們已經窮途末路，逃不出去了！
你們隻剩幾個人，反抗毫無意義了！”
李祐喊道：
“你能放過我的鐵哥們燕弘信幾個人嗎？你放過他們，我就出去！”
杜行敏抓住了李祐，李祐被裝進囚車押到長安。
李世民在朝堂見到被押解著的李祐，特別傷心失望。他痛徹心扉地對李祐說：
“我生養你這麽個兒子，我對國家都有罪！
我不處死你，留著你的命，對國家就是留下了禍害！
除了讓你死，我還有什麽辦法？”
李世民下詔把李祐貶為庶人，賜令他自盡。
李祐在刑官監視下，自盡於太極殿前。
紇幹承基不僅暗殺權萬紀，還隱匿李祐謀反消息不報，按罪也當處死。
他為了多舉報可以立功減罪，還把太子李承乾謀殺李泰、打算處掉當今皇帝的種種密謀告訴了刑部主審官員。
刑部官員感到事關重大，不敢擅自做主抓捕太子李承乾，緊急把紇幹承基的供詞，奏告了李世民。
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