後不要稱帝。
武太後看了劉仁軌的勸諫書沒有生氣，安排侄子武承嗣去看望他。
武太子親手寫了一封信，回複劉仁軌說：
“新皇帝正在為先帝守喪，沒法張口說話，暫時由我代替他發布一些政令。
這次煩勞您從遙遠的長安寫信勸諫我，您又說年老多病要辭職。
您言辭之間多有指責抱怨，使我憂慮不安。你的這些話使我睡不好覺，也無心吃飯。
您又說“呂皇後被後代恥笑，她的侄子呂祿、呂產給漢朝帶來災難”，比喻實在深刻 ，讓我又欣慰有慚愧。
您忠貞為國的操守，始終不變，勁直的氣節，古今罕見。
我覺得您好比漢朝的名臣蕭何。
您居宰相之位，是朝中百官楷模。
您是先朝舊臣，朝野矚目。希望您以國事為懷，不要以年老為理由請求退休。”
不久，朝廷封劉仁軌為樂城郡公。
劉仁軌遵從新令，改任文昌左相，同鳳閣鸞台三品。
685年正月二十二月，劉仁軌逝世。享年八十四歲。
武太後為表示悲傷，輟朝三日。命在西京長安官員去他家中祭奠，追贈開府儀同三司，賜劉仁軌陪葬乾陵。
武太後擔心廢太子李賢出居巴州，或許有謀變情緒，密囑將軍邱神績，讓他騎快馬馳赴巴州，逼令李賢自殺。
事後武太後又裝模作樣訓斥邱神績：
“你太殘忍，誰讓你逼殺我的兒子的？”
下詔貶他為疊州刺史。
武太後親自到顯福門舉哀，追贈李賢雍王舊爵。又召回邱神績任命為金吾將軍。
這時宮廷裏才知道武太後殺李賢的事。
李賢即死，武太後又猜忌李顯，令他出居房州、又遷到均州。
朝廷進升武太後哥哥武元爽的兒子武承嗣為太常卿，同中書門下省三品。
武承嗣諾請求尊崇祖中，設立武氏宗廟。
裴炎勸諫說：
“太後母儀天下，當顯示大公無私，不應厚待親屬。
漢朝呂氏封官呂祿、呂產，所以致敗。太後難道沒有聽說麽？”
武太後發怒說：
“呂氏濫封娘家人，所以滅亡。我是尊崇去世的祖輩親人，有何妨礙？”
裴炎說：
“凡事當防微杜漸，不應該開了壞頭，還望太後明察！”
武太後始終不聽，並且憎恨裴炎。
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