在鴻鈞身邊，當然知道公孫軒轅的身份，也知道要不了多久，他將成為三皇中的地皇，所以此時的地皇神農也就不被玉帝看在眼中了。
九天玄女下界後自然遵照著玉帝的命令，對神農隻是禮節上的見禮後，便刻意的結交了公孫軒轅，隻是這九天玄女久在天庭，沒有感受過這人間的情情愛愛，沒過多久便在愛情裏沉淪，將一些天庭不傳之密傳授給了公孫軒轅。
公孫軒轅開始修行後，便展現了超強的修行體質，很快便修行到了金仙巔峰，猶豫轉世之前沒有喝過孟婆湯，修為的增加令公孫軒轅恢複了被轉世壓製的前世記憶，知道了自己的前世乃是龍魂，此後便對自己的屬民宣傳人族皆為自己的傳人，也即是龍的傳人。
公孫軒轅實力提升恢複記憶後，便開始凝聚人心，取首陽山之銅熔萬民之願鑄成了後天願力法寶軒轅劍。
九天玄女知道蚩尤的來曆，乃後土精血所化，同巫族體質相同，隻休肉身不休靈魂，便建議公孫軒轅設置迷霧以阻撓蚩尤的靈覺。
公孫軒轅聽從了九天玄女的建議，在涿鹿設置了迷霧陣與蚩尤進行最後的決戰，為了自己的人不被迷霧影響行動，公孫軒轅又發明了指南車以便在迷霧之中辨明方向。
此戰公孫軒轅大獲全勝，更是將迷失了方向的蚩尤斬首，隻是可惜的是，被斬首的蚩尤依然沒有死絕，被一使弓的巫族之人所救。
蚩尤逃離戰場後，終於知道了天庭插手才使得自己失敗，對天庭眾人充滿了憤恨，離開之際，一聲震動天地的呐喊聲傳遍了天地，“玉帝老兒，今日蚩尤已然身死，他日我誓邢殺天庭眾人！”
蚩尤的落幕讓公孫軒轅的聲望達到了頂點，令人族之人隻知皇帝而不知地皇，現在的公孫軒轅隻差一個名義便成為真正的人族共主，為了維護自己的形象，公孫軒轅又不能逼迫神農讓位，而恰巧此時，準備分享功勞的廣成子回到了公孫軒轅的身邊。
為了將神農趕下神壇，廣成子為公孫軒轅提出了一個明升實降的計策。
人族之中開始出現了一個流言，一個關於神農的流言。言神農攜火而生，乃天道為興盛人族而降生的人族領袖炎帝，而火生土，神農的使命完成，天道降生大地之主皇帝繼續領導人族成長。
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