雖然南日島大戰已經結束，但是接下來的幾天時間裏，海狼部眾們卻還是無法閑下來，單是戰後清理收尾的事情，就一大堆，少有不慎就還會出問題。
主力船隊雖然此戰損失不大，但是也有一定的傷亡和損失，此戰下來船隊一共損失了八條船，其中當場沉沒和報廢的船隻有六條，兩條船受損嚴重，衝灘擱淺。
島上的戰兵損失情況要稍重一些，留守大寨和商棧區的六七百號海狼部眾經過褚彩老攻寨的數日激戰，一共傷亡了近二百餘人，其中陣亡八十餘人，輕重傷員近百人，不過幸好是他們是在島上主場作戰，島上大寨裏麵有條件較好的醫館，還有一些醫術不錯的醫官，許多傷員在受傷之後，都可以得到相當及時的救治，其中不少傷員得到了救治之後，可以保住性命，不至於因為一點小傷，就要了他們的命。
這種相對比較完善的醫療救護，也給此次參與留守的海狼部眾們提升了不少士氣，他們起碼不用擔心，自己受傷之後，會被棄如敝履一般的丟棄，任他們自生自滅。
這一點放眼這個時代的大明，包括正規的大明軍隊，也無法達到海狼集團這樣的救護水平，這也是於孝天所做的一件相當明智的事情。
船上也有一些傷員，在大戰結束之後，船隻陸續靠岸，這些傷員馬上便被移送到了大寨之中的醫館，使之也馬上得到救治。
總之海狼的戰損情況，比起原來預計的情況，基本上差不多，這讓於孝天多少鬆了一口氣。
大戰下來，最大的麻煩還是對於俘虜的處置，這一點上海狼已經有了相當的經驗，基本上按照以前的辦法，將這些俘虜先進行甄別，挑出其中的一些掌櫃和頭目，單獨看押起來，其餘的嘍囉們，則將其打亂，重新進行安置，其中一部分人在經過甄別之後，不易再留下充作水手或者戰兵使用，其中包括年紀大的一些俘虜，直接淘汰，將其作為奴隸，今後得空發往淡水寨或者雞籠寨那邊，幹苦力去。
剩下的青壯則將其重新整編，發入新營，對其進行隔離檢疫和洗腦以及接受新兵訓練，合格之後將會補充到海狼部眾之中聽用。
而那些俘獲的船隻，則需要船寮的工匠們對其進行一次仔細的篩選，船隻較新或者船況交好的船隻，將會編入船隊之中使用，船齡已經
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