於孝天禦下極嚴，要求麾下官兵，每到一地，不得擅自擾民，除了要求有錢大戶拿錢出來助餉勞軍之外，對於普通百姓，基本上可以說是秋毫無犯，相反到了一個地方之後，往往還會拿出一些錢糧，對當地遭受災荒或者匪患而受害的百姓給予一定的賑濟，對當地一些為禍民間的地痞流氓進行嚴厲打擊。
如此幾年下來之後，以前老百姓隻要聽聞官軍到來，十裏八村的老百姓立即就會轟然而散，逃入山中躲藏起來，可是現如今隻要聽說是於孝天麾下的官軍到來，老百姓已經不跑了，非但不跑了，而且還往往會扶老攜幼的跑到路邊歡迎他們，甚至於還不惜取出他們極為有限儲存的吃的東西，哪怕是拿出一個雞蛋，也要表示表示他們的心意。
這讓福建不少地方的官吏，看到這樣的情景都為之側目，想不通於孝天身為被招安的賊首，怎麽能如此善於掌兵控軍，將麾下兵馬調教的如此聽話，居然能把他麾下所控的官兵，整治的如此聽話。
其實這也難怪，以前一些官軍說白了就是一些軍將的農奴，這些當兵的閑時務農，要給軍將種地交糧，常年拿不到一點軍餉養家糊口，難免會對軍將們心懷怨氣，往往一旦到了用兵的時候，軍將要用這些當兵的為他出力或者賣命，可是又擔心當兵的心懷不滿不給他們賣力，於是便寬縱這些手下官兵，去搶，去偷，去勒逼百姓，變相的讓當兵的撈一點甜頭。
而且對於這些偷來搶來勒逼來的錢財，他們自己可以拿大頭中飽私囊，也可以多少提振一下士氣，讓這些當兵的不至於上陣對敵的時候，因為心中怨氣，哄堂大散甚至臨陣倒戈，如此一來大明官軍如果軍紀好的話，那就真見鬼了。
但是於孝天控兵，卻沒有他們的弊病，但凡歸在於孝天手下的官軍，於孝天往往第一時間便先將那些老軍將們全部架空，然後對官兵進行篩選，留下老實以及身體強健的士兵，將那些兵油子以及老弱殘兵裁撤，招募新丁補充兵員。
對於這些兵將，於孝天令他們全部脫產，專司練兵，從農奴一般的身份轉職為職業軍人，雖然官府時不時的欠餉，可是於孝天
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