勤部，專司負責對各部進行後勤供應和補給，包括兵將們所需的軍餉，也歸在各部門進行統籌，而不像以前那樣，粗放的一鍋燴，那樣不但矛盾多而且容易出現失誤，現如今各自都有各自的軍需倉庫，各種物資都進行細化管理，一是可以減少海陸兩軍之間的矛盾，二是提高效率，另外還可以減少浪費。
至於軍需生產方麵，兩個後勤部下麵各有專門的軍需工廠，按照預算和訂單進行生產，於孝天也更容易對這些部分進行管理。
另外於孝天還要求各部門從以前粗放式管理，開始轉入到更精細化的管理之中，並且從崇禎三年開始，對各部門實行預算管理。
各部門以前都是想要什麽，臨時提出申請，臨時報批，但是在崇禎三年之後，對於擴兵和練兵以及各種裝備，都要做到提前預算，並且提交議事堂進行討論定編，然後各部門都按照預算進行執行，省的那些家夥們一時心血來潮亂拍腦袋決定，這對於海狼的各種費用支出的壓力相對減輕了許多，讓理事堂方麵不至於臨時抱佛腳，總是被搞得手忙腳亂。
對此理事堂方麵的人舉雙手雙腳歡迎這樣的改變，一旦再有軍將亂吵吵說給他們的配給少的時候，理事堂便直接丟出預算，把他們砸的沒話可說。
還有就是為了使得兩軍的行動更有目的性，避免出現亂來的情況，於孝天還抽調出了一批精幹人員，組成了總參謀部，和海陸兩軍參謀部，總參謀部主要負責對整體布局進行統籌安排，而海陸兩軍參謀部則根據總參謀部給出的大的方向，進行細致的安排。
另外如果遇上特殊的大規模軍事或者開發行動，於孝天可以直接下令單列出一筆預算外開支，不計入原來的預算之中，如果需要兩軍配合行動的話，則由總參謀部直接進行籌劃，並且出麵協調兩軍，海陸兩軍根據總參謀部的指令，配合行動，省的兩軍的主將們看著對方不順眼，相互使絆子導致貽誤戰機或者出現配合失誤。
現如今隨著於孝天在福建陸上的活動，海狼的陸軍規模比之以前，有了質的提高，以前陸軍總規模在於孝天接受招安之前，僅僅隻有六千人左右，但是隨著於孝天軍權日重，在陸上駐軍和用兵情況也越來越多，陸軍規模隨即也得到了逐步的擴大。
到了崇禎四年初的時候，於孝天直接掌控的嫡係陸軍兵力，已經達到兩萬人，另外還有兩萬左右的福建本地官軍，直接隸屬於他掌控，這兩萬非嫡係官軍，裝備以舊式武器為主，盡少量裝備南日式火槍，訓練和人員情況，都和海狼嫡係人馬有一定的差距。
這兩萬嫡係陸軍，不管是裝備還是訓練程度，在這個時代都可以說是首屈一指，火力輸出能力極為強悍，擁有一定的全天候作戰能力，至於那些非嫡係的官軍，雖然比之嫡係部隊要差很多，但是放在福建當地乃至是整個大明國內，也算是絕對精銳了。
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