以說各有損失，但是損失又都不算大。
這樣的對峙狀態並未維持多久，城中鎮守東門的耿仲明以及陳光福等將，最終還是念及和孔有德李九成等人的舊情，率部打開了東門，裏應外合，將叛軍迎入了城中。
叛軍在李九成和孔有德的率領下，一擁而入，和城中部分山東兵發生了一些激戰，可是城中那些東江舊部，卻在看到叛軍入城之後，立即便紛紛倒戈，開始四處屠殺城中的山東兵將還有那些城中曾經給他們受過氣的士紳百姓，甚至連市井小民，也成了他們報複的對象。
一時間登州城之中哭嚎聲衝天而起，叛軍軍紀敗壞到了極點，搶劫的，殺人的，淫辱女人的，放火的比比皆是，大街上幾乎布滿了伏屍，甚至連一些小孩兒都沒有能幸免於難，也被叛軍屠殺。
城中不肯投降的官軍僅僅抵抗了不久，便宣告失敗，漫說是那些東江舊部和遼東人了，就算是許多本地的山東兵還有本地人，為了活命，也不得不放低姿態投靠了叛軍。
總兵張可大眼看城池失守，當即殺了自己的妻妾，然後在城中的家中自縊身亡，算是為大明盡了忠。
但是孫元化卻最終還是落在了孔有德和叛軍之手，原因也正是於孝天預料的那樣，他受到天主教的教義所困，一時間不好作出決定，到底是該自殺以表忠心還是按照教義不自殺。
也就是猶豫之間，叛軍已經攻入了他的巡撫衙門之中，迅速的將他的家丁和家仆殺的殺，抓的抓，並且控製住了孫元化，同時還抓住了不少當地的官員。
孔有德和李九成一方麵也算是念在孫元化往日待他們不錯的麵子上，一方麵也因為並不想把事情鬧到太僵的地步，畢竟孫元化乃是一個巡撫，殺掉孫元化，就等於徹底把事情鬧到了無法收場的地步，也絕了他們今後可能被招安的後路。
如果他們殺了孫元化的話，就算是他們以後接受朝廷招安，但是弑殺朝廷重臣這個罪名，他們還是承擔不起，朝廷可以免去他們手下的罪責，但是絕不會放過他們。
故此雖然他們抓住了孫元化，但是卻並未殺掉孫元化，而是對孫元化等官員還算是善待，並且試圖勸說孫元化也投了他們，
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