在建軍方麵，這一點於孝天和孫元化有很大不同，孫元化雖然也力主想要打造出一支裝備精良的軍隊，請了不少葡人來給他幫忙充當教官，對手下兵馬進行操練，但是孫元化卻忘了一點，那就是軍紀方麵的事情。
孫元化為了收買手下兵將們的人心，對於軍紀控製，始終比較鬆懈，嚴重的忽略了一支強軍，最基礎的並非是裝備如何，而是軍紀！
自始至終，孫元化都隻關心裝備和訓練的事情，對於軍紀控製，卻很是鬆懈，這也給這次叛軍叛亂，埋下了一顆定時炸彈。
另外孫元化還嚴重忽略了中層軍官和高層軍官的培養，隻想著孔有德這幫東江舊部以及那些遼東逃回來的遼東漢人，生性彪悍，而且善戰悍勇，卻忽略了他們的忠誠培養，使得這些叛軍，最終一呼百應，都成了叛賊。
可是於孝天卻跟他不同，雖然於孝天也力主用最先進的武器，來武裝自己的兵將，但是在對待最基礎的軍紀問題方麵，他卻自始至終都堅持，軍隊的紀律性放在最首要的位置，唯有一支真正軍紀森嚴的軍隊，才有可能成為一支強軍。
而且於孝天非常重視對於軍官的培養，特別是忠誠方麵，不管任何人，你能力再強，如果你的忠誠度不行，那麽對不起，於家軍根本沒有你呆的位置，遲早都要被排斥出去。
另外於孝天非常重視中級軍官的培養問題，但凡提拔一批中級軍官，都要單獨對他們進行深度的培訓，哪怕是短訓，也必須要進行，日常培訓之中，最主要的就是忠誠培養，給他們洗腦，讓他們在內心之中，埋下隻效忠於他的種子。
這也是於孝天麾下兵馬，這些年來攻無不克戰無不勝的最主要的原因，就算是現在把他們那些大炮和犀利的步槍都拿走，隻給他們發一些最簡單原始的武器，於孝天也相信，他的手下兵馬，同樣還是一支雄師，同樣的敵人，在他手下的軍隊麵前，依舊不是他的對手。
這也是他信心的來源，並非隻是他手頭可以製造各種先進武器，人才是至關重要的，這也正是於家軍和其它軍隊最大的不同之處，也是於家軍為何比其他軍隊能打的關鍵。
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