結黨營私之事，在錦衣衛原有的人員基礎上，進行了一番清洗，補充了大量新成員，而且限定了他們的權限。
現如今新改組的錦衣衛，有偵事權以及抓人的權力，但是卻被取消了審訊犯人的權力，當錦衣衛偵知有官員犯錯之後，可以將其逮捕，但是他們沒有審訊判案的權力，必須要移交到刑部進行審訊核實錦衣衛偵辦嫌犯的罪證，如果罪證屬實便移交到大理寺進行判決。
這麽一來錦衣衛的權力被收掉了許多，人員也精幹了許多，行事也沒有以前那麽囂張了，可是這並不妨礙他們偵辦案件。
而刑部主要負責審訊案犯以及查證錦衣衛所提供的罪證，但是卻沒有判決權，必須移交給大理寺進行判決。
這麽一來都察院以及下轄的錦衣衛屬於偵查抓捕機構，刑部則負責審案，大理寺負責判決，三方相互監督相互製約，使得他們的權力無法像以前那樣肆無忌憚。
另外於孝天在這個基礎上，對地方官府也進行了改製，大明實行的三司製度，布政使司、按察使司、都指揮使司。
布政使以後主要負責各種民務，按察使司則負責刑名，都指揮使司則負責軍事，這原本是一個比較合理的構架，但是於孝天把這方麵更細化了一些，將刑獄之事全部劃歸按察使司負責，地方布政使司無權幹涉，使之可以形成獨立司法權，不受其他官員的影響。
在州府縣一級官府之中，設立巡捕房，專司負責地方地麵的刑案偵辦一級處置小規模的地方亂民，對於刑案進行偵辦。
在府一級新增設一個刑獄使，州縣一級設立一個刑獄官，專司負責審案，如遇重犯判決殺頭的話，要提交按察司進行複審，按察司負責在各地巡視檢查各地地方刑案偵辦的情況，負有監督權力，並且有糾正錯案的權力。
這麽一來地方官員便失去了利用職權草菅人命的權力，非經過按察使司審結，地方官員無權輕易殺掉犯人。
而所有官員又都受到都察院的監督，一旦有地方刑犯家人認為有冤，可找都察院和錦衣衛投告，都察院有權重新提審案犯進行重審。
被於孝天這麽一改，地方官員的權力分工更加明確的同時，也限製了地方官員的權力過大。
可以說於孝天借鑒了後世的公檢法司的構架，重新劃分了這個時代的官府和官員的權責，使之起到相互監督的作用。
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