但是到底福王父子最後的下落，卻成了一個千古之謎，再無人說得清楚，福王父子就這麽在洛陽之亂當中莫名其妙的失蹤了。
至於剩下的幾個省裏麵試圖糾集武力和於孝天對抗的皇族，也同樣沒有一家能安然度過崇禎十三年年底，在於家軍這種新式軍隊強大的火力麵前，那些臨時糾集起來的叛軍，根本就是戰五渣，不出意外很快便都被於孝天派兵紛紛討滅。
而且到了崇禎十三年底的時候，連以前於孝天一直沒有把勢力滲透進去的雲貴等地，於家軍也攻入了其中，迅速擊潰了當地一些不聽朝廷使喚的抵抗勢力。
而且於孝天下令，把朱家所有在冊的皇親國戚，全部交由當地官府嚴厲監管起來，非特準的情況下，隻能留在府中，不得擅自出府，一切府中所需用度，皆有當地官府統一配送供應，等於是徹底將朱家子孫給關到了籠子裏麵。
於孝天這樣的手段已經算是相當溫和了，比起一些改朝換代的時候，將原來的皇族盡數屠殺的手段，已經算是相當寬厚了。
兩年時間過去之後，整個北方以及中原的局勢也就基本上徹底穩定了下來，雖然個別地方還有一些像白蓮教之類的邪教試圖作亂，一些不肯安分的豪強還在試圖給朝廷搗亂，但是在於家軍強力壓製之下，這些都是小打小鬧，基本上翻不起多大的浪花了。
隨著各種新政在大明土地上逐步推行，官場風氣逐漸清明，各種以前官吏們慣用的一些敲詐勒逼百姓的手段一點點的被取締，使得老百姓們身上的負擔大幅度的減輕，各地的農業生產也逐步在恢複起來，就算是遭受災害最嚴重的陝西地區，現如今百姓也回到了土地上，開始重新整理土地。
連年的戰亂，使得北方人口劇減，許多遭受嚴重兵禍的地方都出現了十室九空的情況，就算是流民返鄉回到故土之後，也存在嚴重的人口缺乏的情況，使得原來很多土地都因為沒有足夠的人力和畜力耕種撂荒。
於是於孝天下旨，讓山陝河南一些地方，特別是以前的山地之中不適合進行農耕的村莊進行搬遷，把有限的村民移出山區，轉到一些人口較為稀少但是土地較為適合耕作的地方進
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