再加上人心叵測，穿越者也並不是鐵板一塊，四代火影雖然以極高的人格魅力團結了不少同伴，但是宇智波一族層出不窮的穿越者高手，一度曾經高達兩位數的萬花筒寫輪眼，早已經引起了火影一係的恐懼和敵視。
四代火影波風水門其千手一脈火影嫡係的身份，讓其雖然有心調停化解二者之間的矛盾，但是其先天的身份就注定了，他不能得到宇智波一族的信任，其資曆和能力也根本無法壓下這場自木葉忍村建立之初就埋下的根本矛盾。
獨孤鳳雖然無疑探究這些過往的曆史，雖然木葉上層那些奉行神秘主義的家夥也是一致有意隱瞞這些過往，但是以獨孤鳳的身份和能力還是有意無意之間知道了某些秘密。
穿越者的出現雖然改變了許多人的秘密，但是畢竟沒有改變宇智波一族和千手一係的根本矛盾，沒有打破由千手柱間這位平頂亂世的絕代強者定下的遊戲規則，沒有徹底扭轉火影世界的主線大勢。反而因為他們本身參與其中，因為朋友、因為愛侶、因為家人、因為信念、甚至是因為利益的種種不同，而深深的糾纏其中，甚至身不由己的將這場矛盾推動到了比原著還要激烈的程度。
四代火影波風水門還是犧牲了，雖然過程與原著有多不同，一些穿越者也竭力想避免這個結局。但是木葉老一輩勢力對日益強大旺盛的宇智波一族的敵視，對宇智波一族層出不窮的萬花筒寫輪眼的恐懼，再加上波風水門的改革對舊勢力的觸動，種種矛盾糾葛到了一起，最終還是以極為極端的形式爆發出來。
宇智波一族以兩大穿越者強者為首徹底決裂，分裂為獨走派和改革派兩派，最終在種種矛盾之下引發了宇智波一族的內戰，而當以團藏、三代為首的木葉其他勢力卷入其中的時候，更是釀成了一場波及整個木葉忍村的史無前例的內訌內戰。
這場內戰死了許多人，雙方也都流了無數的血淚，然而最終卻隻成就了一個人忍界最強的名頭。
宇智波啟，以一人之力對抗當時人才濟濟的木葉高層，以一半宇智波一族的追隨者之力，對抗最為巔峰時刻的木葉一村之力，最終力戰千裏，還是成功帶領所有追隨者撤退轉進。
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