至於那些規章製度基本上是按照國民政府時期的國名黨陸軍軍官學校一樣，既然這次福建陸軍軍官學院建立了，馮庸覺得那些自清末流傳下來的軍官培養機製可以拋棄了，所以大手一揮，取消福建下屬的那些武備學堂、陸軍中小學堂一應停辦所有師資力量集中到附件陸軍軍官學校，但這也並不是說這些就不要它了，恰恰相反，這些武備學堂、陸軍中小學堂會改建為福建下屬各市縣的中級職業學校、小學、初中還有高中，本來就打算大肆興辦教育的他正好利用現有資源，但是還是有不少缺額，他的前期目標是每個縣至少一所中職、高中，每個鎮至少一所初中、兩所小學，不得不說這個目標很強，能夠和
日本的教育體係一拚了，這個時期的日本教育體係並不像後世那樣完善。
最最重要的是他還另外建立了一個特殊作戰學院，當然這個學院在表麵上的稱呼是政治工作人員培訓學校，正式稱呼是福建特殊作戰軍官學院，顧名思義，這個學院培養的不是正規作戰人員，學院一共就三個係，特種指揮係和特工作戰係與狙擊係。可以這樣說，如果福建陸海空軍三所學院是軍隊的基礎，那這所學院培養的就是重量級威懾人員。
特種指揮係培養的是特種部隊，而這種部隊在世界上還沒有先例，但是馮庸很早就在獨立團建立了類似性質的部隊，要說世界上最接近後世特種部隊的莫過於獨立團的偵察營，因為偵察營是馮庸利用自己的知識塑造的一直“超級部隊”，而這隻部隊的每個戰士都是原來就身負特殊才能的人，所以特種指揮係是由偵察營的一批軍官來兼任教官，特種作戰要指專門執行秘密突襲、破襲敵重要的軍事、政治、經濟等目標的戰鬥和其他特殊作戰，被譽為非常規方式作戰，可以利用一切可以利用的手段和方式來確保戰爭的勝利和任務的完成他們需要掌握特種作戰知識、敵軍知識、軍事高科技知識、戰場
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