用人數上的巨大優勢，徹底殲滅西班牙人。
四個城門外的陸戰隊士兵，全部入城後，明軍才組成一個個小分隊，從城門口向中心地帶推進，隻要遇上紅頭發藍眼睛的西夷，無論是不是西班牙人，也不論是軍人還是商人，一律射殺。
城中的土著，隻要是拿著武器，不管他們的武器是鐵鍬還是木棒，也是全部射殺。
未時，小分隊開始在城內碰頭，士兵們隻來得及打個招呼，又開始向新的方向，搜索西班牙人，如果稍微有些懈怠，就會失去獵殺西班牙人的機會。
又過了大約一個時辰，城中剩餘的西班牙士兵，陸陸續續開始投降，戰鬥進入尾聲，小分隊開始在城中收攏俘虜，安定民心。
鄭芝龍是在申時末入城的，這時，城內的槍聲已經完全停下來。
他在士兵的指引下，來到馬尼拉總督府，明軍士兵正在查抄總督府，總督府外的廣場上，西班牙的盾徽旗已經被明軍打穿了幾個小孔，又斬斷繩索，垃圾一樣堆在地上，代之而起的是明軍自己的軍旗，一麵嶄新的日月旗，正迎著晚霞，緩緩在總督府前升起。
在城內漢人的協助下，明軍很快就肅清殘敵。
城內的漢人已經與李通取得聯係，他們並不懼怕明軍，相反，他們像是過年過節一樣興高采烈，有些人還協助明軍維持城內的秩序，讓陸戰隊的士兵有充分的人手在城內肅敵。
天黑之前，戰利品初步清理出來。
明軍共搜到黃金三十餘萬兩，白銀二百三十餘萬兩，這些金銀主要是在總督府的倉庫中被發現的。
經過審問得知，黃金主要來自南琉球群島的幾座金礦，本來準備隨塔波拉一道，啟程運往西班牙國內的；白銀主要是來自美洲，是隨塔波拉船隊橫穿太平洋而來，原本預備在東方購買瓷器、茶葉、紡織品等，再運回歐洲高價出售，現在這些金銀，都成了明軍的戰利品。
俘獲的人員中，共有西班牙商人一千二百人餘人，士兵兩千餘人，包括馬尼拉總督塔波拉。
塔波拉不是普通的西班牙士兵或者商人，鄭芝龍自然不會一刀了事，他是西班牙在南琉球群島的最高軍政長官，有了塔波拉在手，在接下來的島嶼爭奪戰中，鄭芝龍手中就握了一張最有力的紙牌，要想殺掉塔波拉，也要等到將他身上的利益榨幹之後。
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