南海艦隊再次揚帆南海的時候，已經是三月份的事了。
隨著台灣、呂宋立省，現在已經有商船在福建省廈門、台灣省滬尾、大員和呂宋省帕薩倫、福鬆之間往來，但往返的船隻都是小型商船，無法運送大量的人員和裝備，所以從福建抽調兩萬陸軍駐守呂宋的時候，還需要南海艦隊提供運輸船和護航。
大約用了一個月的時間，才將所有的人員、裝備運送到呂宋省，包括部分馬匹。
這一個月時間裏，鄭芝龍一直待在呂宋省的蘇比克灣，他在建立海軍基地，這是一個群山合抱的海灣，四麵都是懸崖，隻有麵向南海的方向，有一個狹窄的出海口。
現在的蘇比克灣，還是一片荒地，雜草荊刺叢生，地形需要平整，碼頭也需要修建，還有士兵住宿的房子、訓練場地等等，一直忙了一個多月，基地才有了一些雛形，儲備了一些軍用物資。
等到南海艦隊將福建的陸軍全部運送到呂宋，鄭芝龍開始整頓艦隊，他此次出海的目標，乃是麻六甲水道，作為曾經的海盜首領，他充分理解麻六甲在東西方貿易中的重要作用和地位，這點與朱由檢不謀而合。
現在控製麻六甲水道的是葡萄牙人，隨著國力逐漸衰落，葡萄牙人逐漸撤離了東方的各個貿易據點，而把主要力量投放到美洲，美洲大陸才是他們的新寵。
但嚐到甜頭的的葡萄人，硬是不肯放棄麻六甲水道。
麻六甲原本是一個自由航行的狹長水道，當年鄭和的船隊在此就暢通無阻，也沒見誰來收稅，雖然沿岸小國林立，但這些小國都沒有能力控製麻六甲水道。
最早進入南洋的葡萄牙人，憑借火#槍火炮的優勢，征服了東岸的滿刺加國，控製了麻六甲水道，所有過往的商船，都要向他們納稅。
坐地收稅帶來巨大的經濟收益。
荷蘭人進入南洋之後，對麻六甲垂涎欲滴，兩次派出艦船攻打麻六甲，都是無功而返。
這次鄭芝龍率領南海艦隊的主力，就是衝著麻六甲水道的。
從蘇比克灣去麻六甲，中間要經過婆羅洲（今加裏曼丹島），這裏有荷蘭人建立的大量商貿據點，也有荷蘭海軍在此守護。
南海艦隊初入南海的時候，
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