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在拿破侖離開埃及返回法國後，不隻是軍隊陷入了混亂，連埃及研究所也引起了恐慌。
他走的時候帶走了蒙日和貝托來這兩個首腦人物，幸好有克萊貝爾接手，他基本上原樣不動得繼承了波拿巴的風格，工作才能繼續展開。
對於拿破侖將學者們按照軍官等級那樣劃分，一開始有很多人抗議，甚至拿破侖第一次在開羅舉行埃及研究所開幕和就職科學院主席會議的時候，一半學者都借故沒有去，這讓他很惱火。但盡管他推遲了就職儀式，卻完全沒有更改的打算。
在第一次會議上拿破侖提出了6個問題，第一，改進軍隊烤麵包的爐是否可以改良，或儉省柴禾，接著他就讓學者們做柴禾、蘆葦和紅花莖加熱實驗，並將對比結果寫成報告；第二，埃及有沒有可以代替啤酒花的植物，啤酒最早是古埃及人發明的，在古埃及的文獻和金字塔壁畫上都有證據，啤酒可以解決飲水的問題，雖然在當時的埃及不允許喝酒；第三，還是關於飲用水的，是否可以讓渾濁的尼羅河水澄清變得可以飲用；第四，在埃及製作火藥；第五是關於法律、民事裁判和教育問題；第六是關於輿論的改良，也就是讓法語超過阿拉伯語，成為與居民溝通較容易的語言。
拿破侖想出來的辦法是度量衡，讓埃及研究所將埃及的度量衡與法國度量衡做比較，並任命一個委員會推廣它。
要做到這一點其實很不容易，盡管奧斯曼帝國控製了市場、集市，邊遠沙漠裏的部落卻用著形形色色的度量衡，甚至還有人用聖肘尺。聖經時代人們用手肘到指尖的距離為長度單位，現在在一些較為古老的聖經版本中還可以發現。
但人的高度不一樣，肘長度也就不一樣，聖肘尺據說是奧西裏斯胳膊的長度，但也有可能是哪個法老的胳膊長度，甚至是某個部落長老的手肘長度。
等委員會的人把這件事做了，交了個報告上去，波拿巴又讓他們去測開羅到法國的子午線長度。
不論是頂著烈日燒柴禾還是騎著駱駝在沙漠裏跋涉都不是輕鬆的事，有人完成不了退出，也有人完成了，相應的晉級、待遇提升，一樣都沒有少。有了開羅研究所後，又有了地方研究所，尤其是羅塞塔石碑出土後。
克萊貝爾並沒有給研究所新的研究課題，隻是讓他們繼續幹之前的活，研究所的人們每天晚上在哈桑貝宮的花園裏討論旅行心得、古代埃及和現代埃及的區別，古代遺跡等發現。
有些古代遺
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