於是，秦軍被迫後撤廣西東部，跟越人在這片陌生的土地上對峙，等待援軍。此次南征打了5年，秦軍傷亡30萬人。而越人的軍隊也幾乎打光，隻剩下幾千人。
《史記.平津侯主父列傳》: 曠日持久，糧食絕乏，越人擊之，秦兵大敗。秦乃使尉佗將卒以戍越。
公元前214年，靈渠打通，秦始皇再派10萬人支援嶺南。這次秦軍的主帥是趙佗，他帶領30萬人繼續跟甌越作戰，但此時越人的實力已大不如前。越人主要戰力都被秦人在幾年內殺光，青壯年悉數戰死。剩餘的百越人口退往南方的交趾和中南半島的山脈，西甌國、駱越國終於都被平定。秦軍在公元前214年徹底征服了南越，秦始皇在此設置南海、桂林、象郡三個行政單位，並且設置“南海尉”管理嶺南軍隊。
為了讓新占領地區漢化，秦軍開始向南移民，從北方帶了很多戍卒、罪民、百工和楚人居住在嶺南，這些人和越人雜居，是今天嶺南漢人的祖先。
四、60萬秦軍有去無回，楚越等地財力耗盡
秦朝征服百越，其在曆史上留下的筆墨並不多，大部分記載都出現在漢代，尤其是《淮南子》對這一曆史記載很詳細。究其原因，首先就是此戰離中原太遙遠，軍中也沒有很多文官，對戰役的記述很模糊。其次，秦軍這次的征伐與以往不同，秦軍都是“有去無回”，先去了50萬人，後來又派了10萬，這些人全部留在南方沒回來，無法帶來嶺南的具體的信息。
60萬秦軍幾乎是秦朝軍隊的半壁江山，其中30萬都死在了嶺南，傷亡跟平定六國有的一比。秦對嶺南的征服確實功在千秋，確定了今天中國的南方版圖，但是在當時卻造成秦朝軍力的下降，讓六國反撲。
而且秦始皇在征嶺南時，很多人力、物力都出自剛剛征服的南方楚國。屠睢的50萬大軍，其中10萬人就是楚國的降兵。在後來修靈渠
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