理藩院經起一劫，可謂元氣盡傷。就算鳳九淵下達了特赦詔書，讓90%的官吏和技師得以超生，但將會被殺掉的那10%卻都是支撐起整個理藩院的梁柱，一旦他們被砍了腦袋，理藩院恐怕在二十年內也難以恢複被整肅之前的實力。
你說鳳九淵急不急呢？
他當然急！
正因為這樣，那些頑固份子才咬定鳳九淵不敢拿鳳凰界的國運來作賭注，將他們一網打盡，因此不管大理寺怎麽審，怎麽問，他們都咬緊牙關，不招不認。盡管鳳九淵的屠刀已經揮了起來，殺掉了一批最強硬的，他們依舊認定不過是做樣子給他們看，在嚇他們招供，因此就越發的堅定起來。
鳳九淵說了：你不招、不認沒關係，隻要刑部找到了確實的罪證，該斬立決的斬立決，該滅門的滅門，該夷族的夷族，絕不特赦。如果你懂事，曉得主動招供，那麽，一律從寬處置。
他怕人不信，特地赦免了兩名鳳凰社的高級都管。這兩人涉案的金額都不小，一個是三百萬金幣，另一個是一百八十多萬，按律都該夷族了，但鳳九淵說：“他們不是把錢拿去買田置宅了麽？那就先抄他們家，看能找補回來多少，差額的，讓他們以待罪留職，給我拚命地還去，哪一天還清了，哪一天免除罪名。如果還不清就死了，就讓兒子、孫子、重孫子去還，直到還清了為止。這法子確實不人道，但我就要讓所有貪墨的人知道，把公家的往自己包包裏頭搬，總有一天要還的！”
開了這個好頭之後，後來就陸續有人主動招供，坦誠自己幹了哪些壞事，利用職務之便，謀得了多少好處等等。隨著規模的逐漸擴大，整個理藩院的爛攤子就徹徹底底地被翻了出來，除了少數極其清廉自守的，幾乎所有人都陷入了這個臭泥潭之中，難以自拔！
為了杜絕這一情況再度發生，鳳九淵就下詔了，從今以後，理藩院納入督察院的監督，核審部每年都必須對其賬目進行審計，一旦發現問題，從嚴從重處置。
饒是如此，他還是沒有將理藩院貶級，納入中書省管理之下。但為了從體製上對理藩院的權力進行限製，他還是做了不少工作，特別是責成太傅師若般製定新的管理規範，讓理藩院的財政大權收歸財部，人事任命權歸皇帝，作坊內部事務管理由工部介入，安保管理則由關部負責。有了這些牽扯，理藩院絕對不可能再像以前那樣為所欲為了。
理清了這些之後，他才開始著手讓理藩院在盡可能短的時間內恢複活力。
可是需要怎麽做呢？優秀人才幾乎損失殆盡，這讓完全依靠人力的武備研發和生產體係遭遇了毀滅性的打擊。
盡管很多大臣都痛恨理藩院官吏的作為，恨不能將他個個都誅九族，但他們也清楚，如果真這樣做了，鳳凰界恐怕也會被誅了九族，死無葬身之地的。正是這樣，鳳九淵的特赦詔書才
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