了不使危機過渡擴大，內閣決定在谘議局、翰林院中選拔優秀的官吏提拔上來，暫時擔任要職。中級職位則從低級官吏上提拔，從而實現他們幾乎絕望的升遷之望。而低級職位則從吏目裏選用，要選用那種才德兼備，任職經驗豐富的，不能因為他們是吏目出身就予以歧視。
為此，鳳九淵還專門頒下詔書，曉諭朝廷百官、天下士子和百姓，說朝廷將會繼續深入人事體係的改革，以後將不拘一改地選用德才兼備之士，即便是小吏出身，也有入閣拜相的可能。與之同時，他還大封了一批功臣。諸如武定中晉爵一等公、路德文晉一等伯、阿布都晉三等伯、江懷恩晉三等侯、許庸晉二等伯、劉挺晉二等侯、匡時衡為二等伯……追贈聞越為一等侯、追贈陸文為三等侯、追贈王長青為三等侯等等。將反對他的、不服從他的或殺或貶，通通驅逐出了朝廷，剩下的就是忠於他的、服從他的和牆頭草派係的，終於打造出了一個可以完全按照他旨意行事的朝廷了。
當然，這付出的代價未免太大了些，大到他都有些承受不起的地步了！畢竟經此一亂，朝廷怕是十年也難得恢複過來元氣。若是能夠不亂而解決所有的問題，鳳九淵倒是寧願不要這個能夠不折不扣地執行他旨意的朝廷。
盡管他感覺到在今後相當長的時間內，朝廷的運作要承受極其巨大的壓力，但他還是在大朝會上說：必須以最嚴厲的手段打擊叛黨，絕不能夠再有半分的手軟。要一查到底，不管牽扯到誰，一定要依律懲處。
大朝會結束當日，他便下旨將關押在北校場的幾名首逆與其家人、親屬押赴刑場斬決，不到一個時辰，就有六百三十七顆腦袋落地。
經此禍亂，再沒有人站出來為逆賊求情了，不管是出於公心還是私心，隻要敢發聲，保證立馬馬就被打成了逆賊。短短兩個月的禍亂，中京死難超過三十萬人，傷殘更是不計其數。幾乎是家家有人送命，戶戶有人受傷，上至公卿將相，下至普通百姓，幾乎是將叛軍恨透了，鳳九淵的作法雖然狠厲了些，但卻是大快人心，中京上下是人人叫好。再笨的人，也都不敢在這時候跳出來觸黴頭，送死了。<
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