南京城可以說是一場大明和刑天軍之間最大規模的一場會戰，加上戰前刑天軍的準備時間，曆時總共一個月的時間左右，整體上殲滅了南直隸官軍近十萬左右，其中有近八萬官軍是主動放下了武器投降了刑天軍，這些人之中近三分之一後來被刑天軍重新整編，歸入到了肖天健麾下，其餘的則令其解甲歸田，遣返回原籍務農抑或是就地安置做工。
對於那些南京留守官員，其中大部最終不是被刑天軍生擒，就是直接投降了刑天軍，對於這部分官員，肖天健也擇其中有能力之人予以留用，其餘的則發至各地編管。
但是也有十幾個南京留守官員，最終城破之際選擇了以身殉國，要麽帶著家丁死戰被殺，要麽便選擇了自盡。
至於刑天軍入城之後，在城中勳貴、豪紳、貪官家中抄沒出來的財物，就不用細表了，絕對是一個驚人的數字，起碼讓肖天健吃兩年是沒問題的，至於繳獲的甲胄、武器，自然也不是少數，起碼再武裝起來幾萬精兵也是沒有多大的問題的。
而值得一提的是其中的曆史名臣史可法，他在定淮門被破的時候，坐鎮城西一帶的聚寶門，聽聞城破之後，他帶著義子史德威率兵趕往城北，試圖力挽狂瀾，將定淮門重新奪回來，但是何奈在他得到消息之後，孫應元已經戰死，大批刑天軍已經攻入城中，史德威麾下官軍在遭遇刑天軍之後，僅僅是堅持了不到一個鍾頭，便自行潰散，最終史德威被擒，史可法在回天無力之下，跳下了城牆殉國而死。
肖天健直至南京城徹底被控製之後，親自過問之下，才找到了史可法的遺體，對於史可法的死，肖天健頗為無奈，也十分痛惜，不過他也知道，這是沒有辦法的人，對於史可法這樣忠貞的大明之臣，即便是抓住了他，也很難說服他投降自己，最終他還是會選擇赴死的，這也許就是他這樣的人的命運，國傾之時，是免不了會出現這樣的事情的。
於是肖天健便下令收殮史可法的遺體，同樣也予以厚葬，同時他抽時間在下葬史可法的時候，還親自前去上香，予以紀念，算是成全了他這樣一個忠臣的忠名。
同時肖天健下令厚待史可法的家人，保護他的家
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