，相反按照刑天軍的舊例，先是開倉放賑，解決了城內外百姓吃飯的問題，進而才派憲兵對城中一些豪紳勳貴以及官吏的家進行抄沒，起獲了大批的財物糧食，滿足了他們大軍的需求。
四月初李栓柱再次率兵出重慶府，開始攻向了成都府，在北方三路北伐大軍正高歌猛進期間，李栓柱在四月底的時候又一次攻克了成都府，將四川巡撫邵捷春給擒拿了起來。
邵捷春這個四川巡撫也就此當到頭了，曆史上邵捷春因為沒有能擋住張獻忠入川，被朝廷給抓起來逮問，邵捷春自知無法逃過一刀，便在獄中仰藥而死！但是在這個時代，邵捷春也算是徹底盡忠到底了，被李栓柱抓住之後，大罵不降，最終被李栓柱一怒之下砍去了腦袋。
至此四川基本上便被大中軍控製了大半，接下來李栓柱便開始逐步的對四川北部進行清剿，逐步的將一座座州府縣城給攻克下來，至天元元年十月間的時候，李栓柱基本上已經將四川全境給大部收入了囊中。
至於大明鎮東將軍秦良玉，在重慶府兵敗之後，便帶領殘部撤回了石柱老家，對於她這些土家人，李栓柱也按照肖天健的意見，對其采取懷柔政策，不發兵侵入他們生活的領地之中，並代表大中朝，承認他們的地位，並且派人為其送去了大中朝新頒發給秦良玉的告身，繼續任命秦良玉為土司，並且保留大明給予她的封號，一切待遇從舊。
秦良玉對大明很是忠誠，拒絕接受大中朝給予她的告身，但是考慮到族人之後的生存，而且她也了解了大中軍的可怕，所以在重慶府被破之後，她也沒有繼續再率兵出戰，和大中軍為敵，兩方就這麽暫時互不侵犯，使得四川境內的土家人漸漸的安撫了下去。
對於秦良玉這個大明朝著名的女將軍女英雄，肖天健給予她了極大的尊重，重慶之戰之後，打掃戰場的時候，李栓柱奉旨對於戰死戰傷的白杆兵也給予了優待，傷者給予妥善的照料和救治，死者則收殮其屍體，派人讓其家人前來收屍運回家中安葬，並且為其提供棺材和通行上的便利，這些舉措都使得土家人沒有了繼續和大中朝為敵的欲望，也沒有人想跟著大明朝一起殉葬了，雖然秦良玉對大明忠心耿耿，但是重慶一戰大敗之後，她麾下的白杆兵損失慘重，族中大部分人不願意再跟刑天軍為敵，而她在返回老家之後，也生了一場大病，故此替大明討伐刑天軍之事，也就不了了之了。
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