武之間的嚴重分歧和矛盾，這是一場博弈，而肖天健無疑便是這場文武之間的博弈的裁決者。
對此肖天健考慮再三，多次和內閣以及兵部方麵進行商量，但是最終肖天健還是下旨，對各地軍隊進行一次大規模的整編，但是對於裁撤兵馬數量，采取了分批裁撤的方式，在本年度也就是天元三年之內，各路兵馬現行整編裁撤兩成兵馬，將軍中一些老弱兵將先行裁撤，令其卸甲歸田。
當然這次裁軍也並非簡單的將這些兵將遣散回家務農便拉倒了，對於裁撤兵將，肖天健要求給予厚待，特別是對那些有功的將士，更要給予厚撫，根據其軍階不同，給予數量不等的遣散費。
另外這些兵將遣散之後，要返回原籍進行安置，各地官府要妥善對其進行安排，絕不容許出現讓兵將們一回家便立即陷入到餓肚子的境地之中。
好在中國經過這次大變之後，原來各地被大明皇親國戚以及一些勳戚權貴大量兼並的土地，現如今已經基本上都被收歸了國有，這些土地除了可以安排原來大批的失地流民之外，還有不少的剩餘，故此撤編遣散兵將返回原籍之後，可按照朝廷的要求，每人可根據田地的厚薄不同，獲取到數量不等的田地，作為他們今後養家糊口的基礎，而且朝廷對於這些遣散回鄉的兵將，還給予免征兩年的特殊優待，盡可能的減少這些兵將們返鄉之後所產生出的不穩定因素。
另外大中軍之中，還有一大批情況比較特殊的人員，那就是這些年來俘獲的敵軍，因為擔心這些俘虜一旦遣散馬上變成流匪，所以這些俘虜們也多被編列為輔兵隨軍看管聽用。
對於這一批俘虜，自然不可能像大中軍兵將那樣得到厚待，但是就地遣散也不是辦法，肖天健便提出了一個建立建設兵團的想法，將這批俘虜調至一些邊境地區，準其將家人也帶上，一起前往這些偏遠之地進行編管屯耕。
北方因為天災戰禍的原因，原來邊境地區很多地方重新變成了荒蕪之地，對於土地的利用率遠沒有後世那樣的見縫插針般的密集，所以還有大量的荒地可供屯耕，可是既然是偏遠之地，生存條件肯定要相對惡劣一些，普通的民眾是不願意輕易便去這些地方落戶的，唯有通過強力政策，先將一些俘虜送到這些地方安置，帶到這些偏遠之地各種生存條件改善之後，方能推出各種優惠政策，吸引內地百姓移民，這個辦法也是對偏遠地區開發的一個不錯的辦法。
肖天健提出這個想法之後，立即便得到了文武兩方的支持，於是在天元三年下半
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