軍區還是主要負責陝西、山西一帶的防務,司令長官繼續由閻重喜擔綱。
北方軍區主要負責河北、宣大、山東一帶的防務,司令長官由刁正擔綱。
中原軍區主要負責河南、湖廣、南直隸一帶的防務,司令長官繼續由劉寶擔綱。
西南軍區則主要負責四川雲貴三省的防務,司令長官由李栓柱繼續擔綱。
東南軍區則主要負責浙江、福建、兩廣一帶的防務,司令長官由石冉擔綱。
遼東軍區則主要負責遼東一帶的軍務,司令長官由羅立擔綱,但是暫時遼東還被建奴控製,遼東軍區暫時駐於已經改稱為北平府的順天府和永平府,一部分暫時駐於山東登萊一帶,下一步大中軍勢必發動第二次北伐,光複遼東之地,遼東軍區方能移駐到遼東。
還有一個近衛衛戍軍區現在情況比較特殊,暫時駐在南直隸,負責拱衛現在的臨都南京,和中原軍區防地有所交叉,但是大中朝已經決定,今後會定都北京,所以今後衛戍軍區會隨著都城的遷都,也會移至北平府駐防,第一任司令長官由劉耀本擔綱。
至於其他跟著肖天健出身的陸師大將們,則基本上都出任了各軍區的副司令長官,但是因為趙二驢因為和李栓柱素有間隙,肖天健將其調至了東南軍區做了石冉的副手。
本來肖天健是想要讓羅汝才出任東南軍區司令長官的,這作為他對羅汝才這麽多年來,對他一直俯首帖耳鼎力支持的一種嘉獎,但是在年初攻打雲南之戰中,羅汝才卻在軍前得病,險一些丟了性命,雖然後來在一些名醫的努力下,保住了性命,但是身體卻大不如從前了,羅汝才自己也知道沒法繼續在軍中幹下去了,平定雲南之戰結束之後,羅汝才便主動請辭,要求回鄉榮養。
於是肖天健隻好授羅汝才為定南伯,準其退出軍中,並在南京城授其一座大宅,作為他退役之後榮養之所,並且由大中朝終身供養,作為對羅汝才這些年來功勞的回報,羅汝才欣然同意,就此退出了軍中,回到了南京城榮養。
但是就在這次的大整編定下來之後不久,閻重喜也因為舊傷複發一病不起,無法繼續擔任西北軍區司令長官之職,於是也請辭退役,肖天健感念於閻重喜勞苦功高,準其退役,授其為三等平西公,在洛陽授其府邸,供其頤養,西北軍區司令長官則改由李淩風繼任。
除了陸師之外,海軍方麵也進行了整編,原本統一的海軍,以鬆江府長江口為界,劃分成了北方海師和南方海師兩個部分。<
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