另外這半年多來，肖天健留在北京，除了關注著遼東戰況之外，也關注著北方的疫情，他最擔心的北方鼠疫之事，在這一年之中，並沒有像曆史上那樣大規模的爆發，由於北方提前平定下來，加上太醫局方麵和各地官府受命重視北方疫情的控製，雖然年初四月間在宣大一帶和河北保定府一帶，確確實實小規模的出現一些疫情，但是據太醫局的回複，這些地方的疫情並不屬於鼠疫，而是屬於一般性的時疫。
由於官府的重視，這種疫情發現很早，太醫局又有提前準備，一經發現便立即調集大量藥物進入疫區，並且按照肖天健的旨意，派兵對疫區進行封鎖，並且對於死亡人員的屍體進行火化深埋處理，同時在疫區派發預防藥物，設立施藥處進行施藥，免費治療感染時疫之人，另外還對於疫區進行消灑，所以這種小規模的時疫，並未大規模的擴散，很快便被撲滅。
進入冬季之後，曆史上可能發生的那場大規模的鼠疫，並未在北方出現，這也讓肖天健徹底放心了下來，再也不用為這件事擔憂了。
再者由於大中朝早已定下要定都北京城的事情，在這件事最早議定之後，一些嗅覺敏銳的商人便開始提前在北方布局，本來北京就是大明朝的政治文化中心，現在大中朝又要定都北京，肯定今後北方會再次繁榮起來，所以一些商人便有意識的提前到北方置辦產業，雖然大中朝推出舉措，限製土地的兼並，但是卻鼓勵商人到北方投資興辦各種實業產業，同時也推出各種措施，鼓勵南方朝北方乃至是陝西移民，填充這些年來北方天災人禍所造成的人口劇減的土地。
所以這一兩年來，南方的商賈和移民，在這些政策的鼓勵下，紛紛朝著北方移民，大中朝朝廷也不斷推出各種措施，引導北方農業結構的改變，一是大力推廣農業部門新選育出來的優質種子，另外大麵積擴繁種植產量高而且耐旱的作物，比如玉米紅薯之類的品種，同時也通過南方，引種了馬鈴薯也就是土豆，開始在北方擴繁，以此來改善北方種植結構，提高北方農田土地的但產量。
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