當然遼東戰事的結束，並不意味著大中朝的軍隊便可以馬放南山、卸甲歸田了，大中朝也並未因此便可以就此高枕無憂。
北方亡了一個建奴，但是並不代表著就徹底安定下來，建奴的覆滅，短時間之內也造成了遼東勢力的一個真空期，被建奴欺壓了幾十年的蒙古諸部，在這個時候也開始蠢蠢欲動，開始試圖將觸角伸入到遼東之地。
對此肖天健和內閣大臣們也很快便有所察覺，隨即在天元六年初，肖天健便下了一道諭旨，在遼東成立遼東行省，暫時負責管理遼東之地，蒙古諸部非得到許可，不得擅自進入遼東之地放牧，同時肖天健采納了內閣的意見，以襄助朝廷剿滅建奴有功的理由，大封積極參戰的蒙古諸部以各種官職。
當然在敕封這些蒙古諸部的同時，大中朝也刻意的壓低一些大部落的地位，並且沒有明確給這些部落劃分他們的領地，說白了就是采取了二桃殺三士的辦法，讓這些蒙古諸部之間因為地盤和官爵的差異，相互之間產生猜忌和仇視。
這種計謀對於漢人來說，根本就是小菜一碟，但是又不得不說，這種辦法卻是一個行之有效的辦法。
當然對於那些在此次遼東之戰之中，一些左右搖擺，抑或是堅決的站在了建奴一邊的幾個蒙古部落，肖天健也沒有忘記他們，一手拉一手打，讓蒙古諸部明白，今後誰要是再跟朝廷為敵，也會落得這樣的下場。
故此在遼東之戰剛一結束，他便下旨令蒙古諸部對這幾個部落進行討伐，並且明令必將其滅族，凡是參與對其征討的諸部，可以瓜分他們的族人充為奴隸，並且可以瓜分他們所擁有的草場，水源，作為戰利品。
時之此時的蒙古諸部，內部早已是四分五裂，不過這些蒙古諸部有一個基本的認知，那即是現如今的中原王朝大中朝，已非當年的大明王朝那麽軟弱可欺，與之相對抗，隻能是死路一條，在這兩年之中，他們許多部落配合大中軍進剿建奴期間，也都見識過了大中軍的厲害，故此對於大中朝，現在他們興不起一點對抗的念頭。
除了這些政策
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