對當地的疫病防治問題不太重視，在開戰之後，造成了一定程度上的非戰鬥減員，許多兵將因為水土不服和感染瘧疾，白白的丟掉了性命。
而這一次大中軍要遠渡南洋到菲律賓這個更為炎熱的地區進行作戰，防疫問題便會更加嚴重。
所以肖天健著令兵部，要對此給予高度重視，並且著令太醫院抽調大批醫官參與到這次行動之中，並且提前準備充足的藥品，特別是準備充足的成藥和一些防暑、止瀉、驅蟲的藥物做好隨軍保障，幹脆最好是準備一個大型野戰醫院，隨軍一起出征，隨軍進行就地保障。
兵部當然馬上表示接受，立即對作戰計劃進行了修改，至於內閣方麵，都沒有肖天健了解情況，所以隻能同意了這次的作戰計劃。
於是在天元八年的二月，趁著菲律賓這個時候處於旱季，而且南海暴風雨比較少的時候，大中朝展開了對馬尼拉的遠征行動。
這一次遠征行動，出發地被選在了廣州，在七年底剛剛完成了收複台灣之戰的南方艦隊，立即便開始著手準備遠征馬尼拉。
幾個月間，各地造船廠便又有幾十條大型夾板船也就是蓋倫船下水交付給了南方艦隊，另外還有幾十條商用大夾板船也交付給了海貿集團，作為海上貿易船使用，像這樣的情況，在天元六年之後，非常普遍。
西方造船工匠們，在這幾年中，為大中朝各個造船廠，培養出了一批會建造西式帆船的船匠，而中國工匠的智慧是永遠不能被小覷的，這些中國的工匠們，學習能力非常強，他們雖然文化程度不高，但是卻善於記憶和總結，更善於將各種所學糅合在一起，所以這些學成的工匠們，很快便可以在各大船廠造出和西方人相媲美的大帆船，甚至於在糅合入了許多中式帆船的製造技術之後，所造出來的帆船，比起西式帆船更加好用一些。
所以這個時代，完全可以稱作是中國爆帆船的時代，沿海各地的船廠，幾乎每天都有新造出的船隻下水，交付給用戶使用。
所以海軍早年所造的一些舊式帆船，到了這個時候，已經開始大批淘汰，一些船隻因為還可以用，便轉賣給了漁民充當大型漁船或者普通沿海貨船使用，到了這個時候，大中朝皇家海軍，基本上已經實現了戰船的西式化，海上作戰能力大為提高，再加上大批海盜不斷的投順，在接受培訓之後，進入海軍服役，使得海軍方麵水手也不再缺乏，戰鬥力空前的強大了起來。
此次行動不單單是南方艦隊的事情，北方艦隊方麵此次也調派了五十餘條各式大型戰船和運兵船參戰，另外海貿
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