表西部參加了全明星賽，同時後場組合維尼-德爾尼格羅和埃弗裏-約翰遜也進入了聯盟助攻與失誤比排行榜的前列。他們還在2月份從紐約得到了查爾斯-史密斯（CharlesSmith）以及蒙蒂-威廉姆斯（MontyWilliams），進一步補充了他們的前場陣容。在3月份，球隊取得了16戰全勝的完美戰績，這也追平了1971－72年洛杉磯湖人隊創造的NBA曆史最佳月度戰績。
季後賽首輪，馬刺在同菲尼克斯的比賽中連下三城淘汰對手。在第二輪中，馬刺隊和猶他爵士隊大戰六場，但同94年的結果如出一轍，馬刺隊再次被對方淘汰。
1996－97：傷病擊倒馬刺/天降鄧肯1996－97賽季對於聖安東尼奧馬刺隊來說是曆史上最讓人失望的賽季之一，但從後來的情況來看，這反而是個最好的結果。盡管馬刺隊缺少了受傷的大衛-羅賓遜，僅僅取得了20場勝利，同時自1988—89賽季以來首次缺席季後賽，但他們在1997年的選秀抽簽中得到了一筆財富，頭號選秀權降臨到馬刺隊的頭上，這個狀元簽給他們帶來了具有超級球星潛質的蒂姆-鄧肯。
馬刺隊中傷兵滿營，而其中對球隊來說最糟糕的是羅賓遜的受傷，他一開始遭遇背部傷勢困擾而隨後又腳部骨折。這名上賽季MVP僅僅出場6次。查克-波森則要更加倒黴，他由於背部手術而錯過了整個賽季。查爾斯-史密斯由於右膝的關節炎錯過了65場比賽，而肖恩-埃利奧特由於右膝的腱炎而缺席43場。失去了這4名球員，而且他們都是1995－96賽季球隊中得分前6的球員，也創造了NBA曆史上賽季勝場減少最多的紀錄，他們從59場勝利下降到了僅僅20場。
主教練鮑勃-希爾在3勝15負的開局後引咎辭職，而接替他的原總經理格雷格-波波維奇（GreggPopovich）在他擔任NBA主教練的第一個賽季中僅僅取得了17勝47負的成績。
整個1996－97賽季的痛苦經曆在5月18日一散而空，在那一天馬刺隊贏得了1997年NBA選秀的頭號選秀權。這給了他們選擇來自維克森林大學的具有統治力的明星鄧肯的權力。在擁有了由羅賓遜和鄧肯組成的強大的前場組合後，聖安東尼奧期望他們能在1997－98賽季中再一次回到冠軍爭奪者的行列中去。
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