唐朝在高麗、百濟舊地設置都督府、州縣官署後，總是有些高麗、百濟人， 念念不忘高麗、百濟舊國，企圖擺脫唐朝統治，實現獨立。
李治先派高侃為東川道行軍總管，發兵征討高麗叛眾。
高侃多次向朝廷回報打了勝仗，但總是無法徹底平定。
李治又派劉仁軌為雞林道大總管，還有李弼、李謹行，共同討伐反叛，消滅了很多叛兵。
劉仁軌動不動就奉旨還朝，被李治安排別的工作任務。
李謹行在高麗屢建奇功，他的妻子領兵堅守伐奴城，身披鎧甲，領兵作戰，擊退敵兵。李治嘉獎她勇敢善戰，封授為“燕國夫人”稱號。
李謹行升任東安鎮撫大使，領唐軍逼進新羅國，連著打了三場勝仗。新羅國王見打不過唐軍，派使者來唐朝謝罪，進貢他們當地的特色物產。
李治免除他們的罪過不再追究。
隨後唐朝派高麗舊國王高藏，百濟王子扶餘隆回國，令他們各自安撫高麗舊國、百濟舊國的百姓。
高藏被李治封為“朝鮮王”，扶餘隆被封為“帶方王”。
被送回去的原高麗國王高藏並不領情，到了高麗就謀劃反叛唐朝，李治得知後大怒，詔令：
“押解高藏回來，流放吔州。永不寬釋！”
高藏後來死在流放地吔州。
這時，新羅國勢強盛起來，已不是當年朝鮮半島高麗、百濟，新羅三國鼎立，最弱的那個小三了。
高麗百濟反唐人士形成千軍萬馬，紛紛投奔新羅，新羅迅速發展壯大，開始蠶食唐朝占領的高麗百濟地區。
扶餘隆害怕自己被高麗百濟人把他當民族叛徒清除，始終徘徊觀望，不敢回到百濟舊都。他隻想返回到唐朝內地求自安。
歸屬唐朝管理的高麗和百濟地區，幾乎被新羅蠶食占領。
劉仁軌是“朝鮮通”，讓他鎮守高麗、百濟最合適。
這時劉仁軌已經升官到尚書、右仆射，相當於宰相官職。
他又奉命出任洮河鎮守大使，防禦吐蕃進犯唐朝邊境。
東邊缺少一個像劉仁軌這樣文武全才，熟知朝鮮半島情況的唐朝官員。
李治隻能暫時舍東顧西。
這時大奸
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