尉是朝中僅次於丞相的官職，專掌武事，地位和丞相相同，為最高的武官職位，秩俸萬石，金印紫綬。官吏主要有長史和主簿。原本劉琮是想讓荀彧升任太尉，但是由於劉琮才是荊州和益州的實際統治者，所以許靖這個太尉基本上也就成了擺設。荀彧是何等聰明之人，這樣的虛銜不要也罷。
而許靖則欣然接受，他與自己的弟弟許劭雖然名滿天下，但由於戰亂的緣故，許靖一直遠離朝廷，以至於現年六十四歲的他做過的最高的官竟然隻是一郡太守。現在一下子榮升三公。有沒有實權他不在乎！畢竟能夠在垂暮之年位列三公也是許氏一族的榮耀！
為了製衡劉琮，劉協堅持讓荀彧出任禦史大夫。禦史大夫主要行使副丞相的職權，是丞相的助理，對包括丞相在內的百官公卿的一切行政活動進行監察，三公中地位最低，秩俸是中二千石，銀印青綬。
禦史大夫雖然地位比丞相和太尉較低，但因為其可以行使監察權，劉琮自然不能小覷。當然為了穩住兵說服荀彧歸順自己，劉琮也不反對荀彧出任。畢竟荀彧已經是侍中，此次護駕有功，再加上襄陽能夠壓得過荀彧的人還真不多。
雖然此前劉琮的征南大將軍官階不必三弓低。但是依照古製，將軍飛常設之位。劉琮有了丞相之實，便可以打著朝廷的旗號搜羅天下人才進行封賞。將軍設將軍府，丞相則常設丞相府。
丞相屬官包括。丞相司直，輔佐丞相，檢舉不法，秩俸千石。這一職位由都梁太守劉巴出任。丞相長史，輔佐丞相，督率諸吏，處理各種政務，秩俸比千石。這個位置實際上還是大管家的角色，劉琮給諸葛亮留著，隻等將來諸葛亮從成都回到襄陽便可接任。將來如果劉琮能夠更進一步，那麽諸葛亮便是丞相接班人。
其他屬官還有丞相征事，秩俸比六百石。丞相史，秩俸四百石。丞相少史，秩俸三百石。東曹掾，領郡國事，主長史的任命，外出督州郡，秩俸比四百石。西曹掾，領百官奏事，主府中吏之進退，秩俸比四百石。議曹，主謀議事。辭曹，主評訟事。奏曹，主章奏事。賊曹，主盜賊事。決曹，主罪法事。集曹，主簿計事，秩俸比三百石。戶曹，主民戶祭祀農桑事。法曹，主郵驛科程事。尉曹，主卒徒轉運事。倉曹，主倉穀事。兵曹，主兵事。金曹，主錢幣鹽鐵事。計相，主郡國上計事。主簿，省錄眾事。侍曹，主通報事。
三公之下便是九卿，九卿是指太常，光祿勳，衛尉，太仆，廷尉，大鴻臚，宗正，大司農，少府九個機構。同時執金吾，大長秋，將作大匠的地位和秩俸都與九卿相同，因此把他們和九卿統稱為諸卿。京北尹，右扶風，左馮翊是三輔即京師地區的地方行政長官，有資格參加朝議，具有高與一般郡國長官的特殊地位，因此也得以列於諸卿。
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