“算了。”普特曼斯知道胳膊扭不過大腿，隻得勉強同意了，反正丟了台灣，巴達維亞對他的處罰，絕對不會輕，為了孩子，再多一點懲罰也無所謂了。
“我就知道長官閣下是個憐香惜玉之人。”鄭芝龍向普特曼斯伸出了拇指。
當普特曼斯聽了還要賠償大明海軍損失一百五十萬兩，臉都變色了，“不行，這絕對不行，我無權簽訂這份協議，你要殺人就殺吧！”他緩緩閉上眼睛，慘白的臉上，任誰也看不出有什麽表情。
“好吧，我會直接找你們東印度公司的總督要。”鄭芝龍知道普特曼斯說的是實話，他隻是台灣的長官，現在東印度公司在台灣的資產，已經被全部沒收了，他已經沒有任何可以執行的財產，一旦回到巴達維亞，還不知道會受到什麽樣處罰呢！
其實鄭芝龍本來也沒打算要什麽賠償，他的目的，還是東印度公司在台灣的資產，這才是最現實的財產，至於賠償的事，他本來是準備讓普特曼斯討價還價的，既然普特曼斯已經放棄了東印度公司在台灣的所有資產，他的目標已經全部達到了。
既得隴，複望蜀。
普特曼斯同意大明沒收東印度公司在台灣的全部資產，鄭芝龍開始真的考慮賠償的問題了，至少他要做好這一手的準備。
在人質與贖金的問題上，普特曼斯也是無能為力，他隻向鄭芝龍做出口頭保證，如果有機會，他將向總督代為傳達，至於東印度公司是否同意贖人，他普特曼斯無能為力。
正式的《明荷台灣協定》隻有前兩條，協議一式兩份，每份協議中都用漢語與荷語各抄寫一遍，由鄭芝龍和普特曼斯分別代表大明、荷蘭簽字，簽字之日，協議立即生效。
從《明荷台灣協定》的第二天起，普特曼斯在陸戰隊士兵的陪同下，先後到達汕尾的赤嵌城和新港社、目加溜灣社、麻豆社等村落，勸說當地的荷蘭軍人，放下他們手中的武器，向明軍無條件投降。
而鄭芝龍為了感謝普特曼斯與大明海軍的合作，將允許他乘坐一條荷蘭中型艦船離開台灣，並撥給二十名水手和十五名士兵，這些先行離去的荷蘭人，都不用交納贖金。
當然，現在還不能釋放普特曼斯，明軍還沒有完全收複台灣，南海艦隊入駐台灣的訊息，暫時還不能公開。
鄭芝龍讓已經經曆過戰鬥的陸戰第十旅鎮守台南地區，改熱蘭遮城為大員，赤嵌城為汕尾，陸戰第十旅的臨時駐地是大員，同時分兵駐守整個台南地區。
為了保障大員的海上安全，鄭芝龍留下了五艘福船駐守在大員港口，南海艦隊受損的艦船，暫時在這裏維修，俘獲的荷蘭艦船也會停靠在這裏。
台灣南部的土著，在荷蘭人的眼中，他們還未開化，但鄭芝龍直接將他們看做是漢人，他們因為各個朝代的變遷，為躲避戰亂才跨海來到台灣的，這些漢人百姓，原本就不識字，所以來到台灣之後，逐漸忘記了他們過去的曆史。
這些漢人的後裔，受盡了西夷的欺淩，現在大明的艦隊來了，鄭芝龍要喚醒他們沉睡中的記憶，讓他們重新回歸漢人，回到大明的懷抱。
土著們在與荷蘭人的戰爭中，因為武器及其落後，根本勝少負多，而且傷亡也比較大
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