天主教耶穌會傳教士方濟各·沙勿略在廣州附近傳道，一直沒能進入內地，他的繼任者，意大利來的利瑪竇通過努力在南京居停，結交名人公卿，並且建立教堂，由此拉開了傳教的序幕。
朱元璋的心裏有過一個宏偉的藍圖，他可能想要用城牆圈起一個超過隋大興、唐長安的巨大城市，但南京是個多山的地方，不像中原平原那麽地勢平坦，所以他隻能沿著山的形狀蜿蜒曲折得修建，不像北方城市那麽方正，出現了一種類似葫蘆的形狀。
如果從實戰的角度出發，南京的虎踞龍盤完全不靠譜，它很難完成一次像樣的保衛戰，但南京的名城牆也不能說毫無用處，至少它是一種國力的象征。豐臣秀吉所修建的大阪城在規模上遠遜於南京，從城牆長度就可以一眼判斷，但是它的主城天守閣卻比較完整得保存了，而朱元璋所建的紫禁城則因為建文帝朱允文放的一把火多處被焚毀了，朱棣稱帝後南京的宮殿也不再重修複用，隻指派皇族和內臣管理。
到了南明時，故宮內的大多數殿宇已經坍塌，太廟也被焚毀，由於國力所限，隻恢複了一部分包括奉天門在內的建築物，清朝滅明後改南京為江寧，設置將軍及都統二衙門在明故宮中。
清朝軍隊和平進入南京後首先將城市的東北部占據了，並劃分為八旗軍營，原來住在那裏的NJ市民不得不撤到城南和城西，後來順治皇帝實現滿漢分城，幹脆將整個南京東部築建起了一道城牆，仿佛切蛋糕一樣將城市一分為二。這道城牆起太平門，沿舊皇城牆基，到通濟門止。修建過程中將舊宮東牆和南牆給拆掉了，康熙年間又用了明故宮石料雕件修建普陀山廟宇，這時明故宮的宮殿和宮牆基本已經無存了。
一道牆足以造成一個城市兩種不同的文化，南京城的滿城就像是個巨大的軍營，行政上不受地方府縣管理，江寧將軍是南京八旗駐防的最高長官，他的職責為軍事事務，但是駐防旗人的日常生活，譬如婚喪嫁娶、養贍救濟也必須過問。城中滿人除了兵役以外，所有徭役都不服，包括漕運在內，並且不允許從事農工商等產業。
漢人不僅要養這些八旗士兵，還要遭受盜匪的騷擾，俗稱“旗盜”，這並不是指的旗人直接參與了偷盜，而是一些投靠旗人的本地刁民，很狐假虎威得為非作歹。一般人不願意為奴，可是後來風氣轉變，漢人主動投入旗下為奴，掛名後
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