宗教裁判所（The Inquistion）並非西班牙首創，其初始用意也不是施行宗教與社會恐怖。“inquisition“這個詞的意思很簡單，即“官方、司法審訊”，在此語境下，宗教裁判所意指羅馬天主教會對可能的異端行為進行審訊。
不過此時宗教裁判所並無意，事實上也的確沒有權力對受審嫌疑人進行肉體殘害。對異端的標準懲罰是侮辱性的苦行，比如被迫去某一聖地朝聖，或在長袍上縫上一個“十”字。隻要受罰之人矯正了罪愆，且做了適當的自我懲罰，恥辱便得到了洗刷，他們會重新被教會接納。隻有在極少數情況下，即異端者拒絕承認他們的錯誤，或繼續堅持傳播異端邪說時，才會將他們交由世俗政府進行司法審判和懲罰。
紀伯納（Bernardo Gui）是一名多明我會修士、宗教審判官。1307~1324年，經他判定的異端分子多達1000人，他還把自己的工作方法和經驗詳細記錄下來，集結成一本394頁的煌煌巨著《審判異端指南》（The Conduct of Inquiry Concerning Heretical Depravity）。該書總共5章，前3章討論程序問題，比如審訊疑犯的程序以及怎樣組織法庭。第4章是對有關羅馬教皇告諭如何界定宗教裁判所權力的老調重彈。最後一章詳細闡述哪些行為構成異端罪——至少在他看來是這樣。這本早期教會的暢銷書最有意思之處，在於教導宗教審判官如何向可疑的異端問訊。正如現代社會的知名律師所慣用的伎倆一樣，永遠不要讓證人掌握主動權。提出的問題應該盡可能地刁鑽古怪且布滿陷阱，回答時稍有疏忽就可以給無辜的人貼上異端的標簽。
在此過程中關鍵是讓證人思維混亂、失去判斷，諸如“西班牙椅子”隻是一種輔助，由此奠定了宗教審判所的基調。
到了1401年，也就是聖殿騎士團解散後70年，國際性的宗教審判所開始成型，刑訊和神判裁決也被廣泛應
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