擔，畢竟用直升機運水過於昂貴了。
到6月17日上午9時，科考隊吃早飯的時候，彭加木又提出要開車去找水井，並說如果找到水井，就能通知部隊不要再派飛機運送水了。多數隊員都認為等部隊直升機送水更為安全，彭加木因此還和他們爭執了幾句。
最後，彭加木獨自離開了帳篷，坐到他平時坐的越野車裏去查閱地圖了。
到當日中午，科考隊副隊長汪文收到駐軍部隊的回電後，拿著破譯出來的電文準備到越野車裏向彭加木匯報時，才發現車裏已經沒人了，並且還在彭加木之前翻閱的地圖冊裏看到一張半露在外的紙條。
他抽出紙條一看，上麵寫著：
我往東去找水井
彭17/6; 10:30
彭加木出走之後的當天下午三點左右，庫木庫都克地區開始刮起了大風，漫天都是黃沙飛舞。
到了下午四點，風沙稍息，但還不見彭加木回來，科考隊員們終於著急了，於是他們開著越野車開始往東邊搜尋。
越野車開了一公裏多，發現了一行腳印，科考隊員們根據經驗認定就是彭加木的腳印，於是繼續沿著腳印搜尋。
行駛了六公裏後，依然可以清晰地在地麵上看見彭加木的腳印，隊員們便繼續向前開，可往東又開了十幾公裏，還是找不到彭加木其人。
這時天漸漸黑了下來，已經看不清楚地麵了，科考隊員們隻得返回庫木庫都克宿營地。
到了夜裏十點，科考隊員們在營地附近的沙丘上，用紅柳枯枝點起兩堆火，並且每隔一小時就朝天上打出三發信號彈，那些信號彈可以打100米高，周圍15公裏範圍內的人皆可看到。越野車司機還把車開上沙丘，朝東麵方向開亮大燈，他們期望彭加木看到火光、信號彈、汽車燈光，會朝著宿營地方向走來。
然而到了淩晨兩點，仍不見彭加木回來，科考隊才不得不把這一重要情況告知駐軍部隊，並請駐軍部隊轉告中國科學院新疆分院。
與此同時，科考隊開始了尋找彭加木的行動。
因為彭加木留下的紙條上寫著往東邊去了，所以科考隊員們就乘車沿著彭加木的腳印往東邊搜尋了。
但沒想到，他們沿著腳印向東隻走了3公裏，就發現腳印改變了行進方向，朝北邊走去了。於是科考隊又朝北走了一陣，結果腳印又掉頭向西邊過去了，感覺就像是彭加木當時走了一個8公裏左右的、酷似馬蹄形的找水路線。
更為奇怪的是，搜尋他的科考隊員們走到8公裏遠的地方後，發現彭加木的腳印突然消失，光天化日之下竟再也找不到了。還有傳聞說，在彭加木腳印消失的地方，最後隻發現了他的左腳腳印，而右腳腳印無影無蹤。
到了6月18日白天，駐軍部隊派直升機送來了500公斤水。與此同時，部隊還讓直升機超低空在彭加木腳印消失的地點附近搜尋了近一個小時，但依然沒有找到彭加木的身影。
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