人對其宣講大中律，另外肖天健還下旨，重新大量刊印宋代法醫專家宋慈所著法醫專著《洗冤錄》下發地方，供各級偵捕房人員以及仵作學習之用，省的這幫家夥都是粗人，辦出太多的蠢事。
警察的問題解決了，那麽下一步就是檢察官和法官的問題了，這一點肖天健決定從上至下進行改革，類似法院的東西，古代也不是沒有，大理寺其實就是相當於國家最高法院，所以肖天健就現在大理寺下手，令大理寺今後便執掌審判之事，名為大理寺，實質上行的便是後世的法院之職，人員也都以熟悉法學之人充任，職權獨立，不受任何人幹涉，名義上隻對皇帝負責，擁有完全獨立的審判權力，省的各級官員動輒就插手幹涉審案之事。
而且肖天健決定，將大理寺先設置到地方的府一級地區，今後條件好了之後，再朝州縣一級鋪開。
這一下法院係統也就建立了起來，接著肖天健便又在刑部下設置了司獄係統，這個司獄古來有之，就是專司執掌牢獄之事，所以不算是新創，不過卻要在全國今後建立起專門的監獄，以供罪犯服刑之用。
犯罪的人，該殺的殺，罪大惡極之人，還是判處淩遲，這在這個時代，這種酷刑還是有存在的必要的，畢竟人權這東西，現在還沒人提出來，肖天健也認為，有些混賬東西，刮了都不解恨，所以他並未廢止淩遲之刑！另外判處死刑的，也可以斬首，罪責輕一點的也可以判絞刑，總之根據犯罪輕重，死刑方式也進行區分。
對於那些罪不至死的罪犯，就判決活刑，活刑之中，又分為徒刑和體罰之刑，體罰類的刑罰，肖天健下旨廢除了割鼻、挖眼、割耳朵、穿麵這一類的酷刑，而是改為了鞭撻。
肖天健很欣賞後世新加坡的鞭刑，認為通過這樣的鞭刑，也可以懲治一些犯錯之人，讓他們體驗到犯罪的可怕，今後不敢輕易再犯，但是割掉鼻子、耳朵，就太殘酷了一些，所以他便以鞭撻之刑，替代了這些使人致殘的酷刑。
徒刑就好說了，肖天健決定，對原來的徒刑加以改善，在各地設置類似於後世的監獄，讓判刑的犯人進入到監獄之中服刑，這麽一來，可以集中罪犯，來充當免費勞役，集中起來幹一些活，比如說國家出資的修河堤、修路、開墾農場、開礦之類的事情，讓這些罪犯去幹，還是比較合適的！省的還要白花錢養活他們，勞動力是要充分的利用起來的。
但是肖天健沒有徹底取消流刑，因為他又另外的打算，今後大中朝肯定是要開疆拓土的，這一點他堅信不疑，而且今後開拓的疆土，肯定生存條件會相對惡劣，單單靠著鼓勵漢人移民，先期難度很大，所以一些犯人便可以判處其流刑，先期將他們發放到邊遠之地負責開拓和建設基礎設施，當邊遠之地基礎條件好了之後，再鼓勵大批移民，而這些被判流刑之人，刑滿之後，便就地安置，不得返回原籍，使之成為邊遠之地的原住民，以此可以加強大中朝中央對於邊遠地方的控製力。
於是通過這一番調整之後，刑部的權力被擴大很多，也將地方行政官員的審案權力收歸到偵捕房和大理寺和司獄這三個強力部門共同構架起來的獨立司法係統之中，為以後大中朝的長治久安，先打下基礎。
本來肖天健還想立即推出檢察官的製度，但是考慮到時下這件事推行還不成熟，檢察官完全是一種全新的事務，即便是西方，也是在很久之後，才有這種製度的，所以考慮再三之後，肖天健暫時沒有推行檢察官製度，但是這並不代表今後不會推行，反正今後他會專門設置一個司法學院，來培養這些司法人才，條件成熟之後，再推行也不遲！總之他就一個想法，那就是今後大中朝必須要逐步從人治社會，轉變到法治社會，這樣才能保證國家的長治久安。
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