3.0次蓋帽。同時，這也使得聖安東尼奧成為了第一支奪得NBA總冠軍的前ABA聯盟的球隊。
而在賽季結束後另外一件事情引起了人們的關注。先發的小前鋒肖恩-埃利奧特透露他是在需要接受腎移植的情況下堅持比賽的。同一種罕見的腎部疾病作鬥爭的埃利奧特在8月16日接受了移植手術。他的兄弟諾爾捐獻了自己的一個腎。
埃利奧特在17場季後賽中平均每場出場33.8分鍾，並且他完成了著名的“陣亡將士紀念日的奇跡”。在那一天的比賽中，他在還剩下9秒時，踮著腳尖盡力保持身在場內，並命中了一個關鍵的三分，幫助馬刺隊在西部決賽同波特蘭的第二場比賽中以86比85反敗為勝。
聖安東尼奧的這個冠軍賽季有一個糟糕的開局，他們在2月僅僅取得6勝8負。但球員們最終找到了最佳的比賽狀態，同時在經驗豐富的搖擺人馬裏奧-埃利進入先發陣容後球隊也一下子找到了勝利的感覺。在他們慢熱的開局後，馬刺以31勝5負完成賽季，而且他們在整個季後賽中的成績為15勝2負。
鄧肯連續第二年被選入NBA的第一陣容。他同時也是NBA中唯一一個在得分21.7（第6）、籃板11.4（第5）、蓋帽2.52（第7）和投籃命中率統計49.5%（第10）中都名列前10的球員。
冠軍形態（1999至今）
1999年，NBA因為勞資糾紛一度停擺，常規賽也因此從82場變為50場，就在這個特殊的賽季裏，馬刺隊在“雙塔”的帶領下闖進季後賽，接著又一路橫行，最終殺入總決賽，並以4比1戰勝了紐約尼克斯隊，這是馬刺隊曆史上第一次實現總冠軍之夢，鄧肯也當選為總決賽MVP。
2000年到2002年，由於處於“湖人王朝”時期，馬刺隊兩度遭湖人隊淘汰。
2002-03——第二冠進入2002－03賽季，馬刺知道這將成為大衛-羅賓遜在球隊新主場聖安東尼奧SBC中心（後更名為AT&T中心）征戰的最後一個賽季。為了銘記這個特殊的時刻，馬刺更新了“嘉年華彩色”隊標，回歸原始的銀、黑圖形（雖然在“嘉年華彩色”隊標時期球衣依舊使用的是銀色和黑色）。
今年的馬刺與以往大不相同。2001年NBA選秀大會上選中的法國明星球員托尼-帕克已經成為了球隊首發控球後衛。此外，馬刺陣容還集結了一批新得來的三分手，包括斯蒂芬-傑克遜、丹尼-費裏、布魯斯-鮑文、史蒂夫-科爾、史蒂夫-史密斯以及1999年二輪簽抽中而今年才開始其NBA菜鳥賽季的阿根廷“妖刀”馬努-吉諾比利。
馬刺開局並沒有想象中的順風順水，以19－13的戰績進入一月。一月份馬刺全新的體係開始逐漸成型，隨後在連續的9個
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