主場比賽裏拿下8場，重登榜首。馬刺隊一路高奏凱歌，在賽季結束前抹去了7場勝差，與達拉斯小牛隊並列贏得NBA最佳戰績。蒂姆-鄧肯隨後打破平局，幫助馬刺贏得了隊史第三個賽區冠軍，自己也理所當然地贏得了職業生涯第二個NBA最有價值球員獎。
以中西部賽區第一身份進入季後賽後，馬刺迎來的第一個對手是太平洋賽區第四菲尼克斯太陽隊。第一場比賽馬刺隊就送給了球迷們一個“驚喜”，95：96一分輸給西部第八太陽隊。太陽隊新秀阿瑪雷-斯塔達邁爾利用終場前7.9秒的三分把雙方拖進加時賽並最終險勝。這場比賽，馬刺全隊罰球41罰僅26中。盡管首輪告負，馬刺隊依然憑借高出一籌的實力拿下了第2、3、5、6場比賽，順利晉級。
第二輪馬刺隊迎來了洛杉磯湖人隊。在過往的幾個賽季裏，馬刺曾屢次被湖人擊敗。不過眼看湖人隊日漸衰弱，馬刺複仇的機會到了。他們一開始便在主場以87：82擊敗了湖人。前兩場比賽，憑借著鄧肯、羅賓遜和鮑文的出色發揮，馬刺沒有讓家鄉球迷失望。但來到洛杉磯後，馬刺前兩場的優勢消失殆盡，湖人主場兩連勝扳平了總比分。第5場比賽回到馬刺主場，湖人“關鍵先生”羅伯特-霍裏最後一擊失手，2分惜敗馬刺。洛杉磯人感到了不祥之兆。回到湖人主場，馬刺隊110：82讓"OK"組合哭了個痛快。
西部決賽，馬刺迎來了最強勁的一個對手——達拉斯小牛隊。兩隊的比賽相當膠著，但在第二場較量中，小牛當家球星德克-諾維茨基在比賽中與馬努-吉諾比利的一次相撞受傷，導致了前者隨後三場比賽的缺陣。馬刺順利地4-2戰勝對手，晉級總決賽。總決賽對手新澤西網隊在東區決賽中以4：0橫掃了底特律活塞隊，坐看馬刺苦戰6局出線。而馬刺隊與網隊的總決賽著實可以用“醜陋”來形容，馬刺隊有些漫不經心，始終保持著勝一場輸一場的節奏，似乎鐵著心要在家鄉球迷麵前奪一回冠，鄧肯永遠不溫不火，不知不覺連續拿下了14個兩雙！網隊在馬刺的防守麵前無所適從，主動權一直掌握在馬刺手中。馬刺再次不出意料4：2戰勝了對手，於是贏得了球隊曆史上第二個NBA總冠軍。鄧肯加冕NBA常規賽和總決賽雙項MVP；大衛-羅賓遜帶著總冠軍戒指在聖安東尼奧告別了14年的NBA生涯；老將史蒂夫-科爾終於能將一隻手的5根手指都套滿總冠軍戒指了；威利斯、史密斯、費裏、帕克、吉諾比利、巴特爾等人也第一次親手觸摸到了奧布萊恩杯。
2003-04賽季二度奪冠後，大衛-羅賓遜的退役使得聖安東尼奧從前令人膽寒的防守不複存在。季後賽英豪史蒂夫-科爾（SteveKerr）和老前鋒丹尼-費裏（DannyFerry）也漸漸步入生涯暮年。與此同時，替補控衛斯比迪-克拉克斯頓（Spee
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