特裏肘擊原隊友邁克爾-芬利，遭到第六場比賽禁賽的處罰。特裏在整個對抗馬刺的係列賽中狀態都非常好，在季後賽中平均每場貢獻17．9分，在隊內僅次於頭號得分手諾維茨基。他的缺席讓馬刺占足先機，並最終91-86力克小牛，把“搶七”大戰帶回AT&T中心。第七場決戰，馬刺在常規時間末節展開反撲，瞬間抹平了20分的分差，將比賽拖入加時。全場比賽鄧肯狂砍41分、怒摘15個籃板，無奈加時賽中德克-諾維茨基率領的小牛火力全開，全隊斬獲15分，119-111力拔馬刺。
2006-07——第四冠滿懷著新的決心，為了磨合新老隊員，馬刺隊2006年10月在法國開啟了新賽季訓練營。在11月2日揭幕戰97-91客場挑落達拉斯小牛後，格雷格-波波維奇成為了北美職業籃球曆史上第四位執教球隊獲得10場揭幕戰勝利的主教練（另外三位分別是：湯姆-蘭德裏、比爾-菲奇和喬治-阿倫）。
馬刺開局驚豔，14場比賽中贏了11場，包括相繼戰勝達拉斯、菲尼克斯和休斯敦。蒂姆-鄧肯也有幸在那段時間裏成為了職業生涯總分超過15000分大家庭中的一員。馬刺隊史的新紀錄12連勝直到102-111不敵金州勇士後才畫上了句號。2006年12月2日戰勝國王隊後，馬刺超越凱爾特人，以59.5%的勝率榮登曆史第二名。然而隨著賽季的進行，馬刺實現崇高理想的道路愈加坎坷。一月收獲9勝7負擔成績後，二月初又不得不吞下1勝3負的慘淡戰果。幾場激戰過後，馬刺很快已經被達拉斯小牛和菲尼克斯太陽落下很遠。事實上，馬刺領先西南賽區第三名火箭也僅僅1.5個勝場。交易傳聞漸漸籠罩灰心喪氣的馬刺。交易截止日已經非常臨近，波波維奇不得不在是否保持現有團隊間作出決定。他決定不進行交易。這仿佛成了整個賽季的轉折點，馬刺暗下決心打好剩下的每一場比賽。二月和三月，馬刺通過強硬的防守和在絕境中投進關鍵球一舉豪取13連勝。在常規賽後期的31場比賽中25勝6負，場均得到98.9分，同時將對手限製在場均87.9分，重回西部強隊之列。即便馬刺依然趕不上西南區冠軍小牛隊，他們還是以良好的狀態殺入季後賽。
馬刺在主場贏來2007年季後賽的首場比賽，對手是丹佛掘金。馬刺的慢熱在常規賽早就顯露出來，這樣的狀態一直
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