延續到了季後賽。相對於掘金的頑強，馬刺一開始還沒找不到感覺。“黃金雙槍”順勢砍下了61分，而鄧肯隻有14分10個籃板進賬。掘金首戰95-89力克馬刺。
第二場，“石佛”鄧肯終於恢複了自己應有的狀態，22分7個籃板幫助馬刺97-88取得勝利的同時扳平了大比分。從此之後，馬刺就再也沒有給掘金翻身的機會。除了鄧肯和帕克的穩定發揮，老將芬利、霍裏紛紛發飆，馬刺幹淨利落地4比1淘汰掘金，邁入第二輪。當馬刺將掘金拒之門外時，常規賽67勝15負的小牛卻2-4爆冷敗給了金州勇士隊。小牛隊意外出局時的馬刺次輪對抗菲尼克斯太陽隊的比賽成為了季後賽的焦點之戰。場均30.2分12.5個籃板3.1記蓋帽的鄧肯再次在強強對話中占據了內線的優勢。哪怕是不可一世的“小霸王”阿瑪雷-斯塔德邁爾，在鄧肯麵前也顯得無能為力。雖有助攻好手史蒂夫-納什，但“三叉戟”和強硬的板凳讓馬刺在這次“準冠軍”比賽中顯得更具冠軍氣勢。馬刺最終4-2告捷，但第四場中對納什惡意犯規的羅伯特-霍裏遭到了禁賽2場的處罰。那些說“馬刺對太陽係列賽就相當於總決賽”的沒有說錯。馬刺隨後4-1輕取猶他爵士，挺進2007NBA總決賽。
馬刺隊在總決賽中以4比0橫掃勒布朗-詹姆斯所率領的克利夫蘭騎士隊，再奪總冠軍，成為NBA曆史上繼凱爾特人、湖人、公牛隊後，第四支奪得4次及以上總冠軍的NBA球隊。
2007-082007-08賽季中聯盟進行了幾場大交易，包括凱文-加內特和雷-阿倫攜手加盟波士頓凱爾特人隊，沙奎爾-奧尼爾進駐菲尼克斯太陽隊，以及保羅-加索爾入夥洛杉磯湖人隊。馬刺沒有卷入任何大交易，隻是賽季中期交易到了西雅圖的“瘋狂之眼”科特-托馬斯。
盡管打出了17勝3負的強勁開局並且在二、三月份連勝11場，馬刺依然屈居幾支剛剛經過大交易的球隊以及其他幾支迅速崛起的球隊之下。馬刺以56-26的成績以西部第三的身份挺進季後賽。馬刺在季後賽第一輪再次麵對去年飽受爭議的半決賽對手菲尼克斯太陽隊。馬刺隊4-1淘汰太陽晉級西部半決賽。次輪的對手是以克裏斯-保羅為首的新奧爾良黃蜂隊。馬刺和黃蜂鏖戰7場後險勝對手，與湖人會師西部決賽，但最終1-4遺憾結束衛冕之旅。
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