以後，設立門下省和散騎省，但以散騎省隸屬門下（後合而為一），長官為侍中、給事黃門侍郎。屬官有散騎常侍、給事中、通直散騎常侍、員外散騎常侍、散騎侍郎、通直散騎侍郎、員外散騎侍郎等，有議論尚書奏事之職。在對尚書奏事說三道四的同時，由於其皇帝跟班的地位，所以還可以時常對皇帝的闕失提點意見，起拾遺補闕的作用。隨著時間推移，門下省的權力越來越大，漸漸地開始對中書省起草的詔書發表批評意見，最後發展到在一定條件下，可以將不合適的詔書駁回重議，即獲得了所謂“封駁權”。這樣，就形成了對中書省的製約。同時，門下省也以這種特殊的方式參與決策，成為政治核心機關。至此，尚書台（南朝改省）的權限隻限於行政事務執行，三省形成了中書出令，門下審核，尚書執行的分工製約機製。
在這種情形下，門下省的人員開始注重文學之士。不過，由於門下省官員依然是皇帝的侍從，所以，在人員挑選上，往往還注重“風姿”，即相貌的漂亮。在兩晉南北朝期間，門下省的主要官員由於接近最高權力中心，參與機要，所以跟中書省一樣，成為門閥的首選之職。
南朝宋代文帝時，王華為侍中，經常與皇帝接膝共語。孝武帝時，挑選侍中，講究風貌，其中何偃深受寵愛，與武帝形影相隨，一次同輦而行，車過門坎，顛了一下，何將傾倒，武帝馬上將他接住，說，我是陪你的。（《南齊書》卷16）
3．尚書省分工的細化
原來無所不管的尚書台（省），現在權限被限製在行政執行上。雖然權力有所縮小，但事務比較專一，反而有利於其機構分工和職權細化。所以，在魏晉時期，尚書台的機構反而得到了擴大，辦事人員成十倍地增加，負責的實際事務也大大增多。原屬九卿的大部分管轄事務，也歸屬尚書台。隻是到了這個時候，尚書台才不僅在實際上，而且在名義上從原來主管皇家事務的少府中分離出來，成為一個獨立的政府機構。不過，由於魏晉南北朝是個過渡時期，製度的穩定性很差，加上作為執行機構，本身事務就比較繁雜，而這一時期政治格局本身變化也比較大，所以，比起後來的尚書省六部，尚書省的內部分工一直多半體現在尚書這一級，即後來部以下的司一級。在這一級上分工是明確的，但尚書以下各曹的歸屬比較混亂，往往幾個似乎不相幹的曹歸在一個尚書門下。同時，機構設置也不穩定，尚書的數目時有增減，省下時而五尚書，時而六尚書，時而七尚書。每個尚書管領的部門有的比較有同一性，像吏部和度支，其他的仍然比較雜亂。魏為吏部、左民、客曹、五兵、度支五尚書；晉為吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六尚書；東晉則減為吏部、祠部、五兵、度支、左民五尚書；南朝則吏部、祠部、度支、左民、都官、五兵六尚書，有時加一個起部，呈現出過渡時期官製變動不居的特征。
總括起來，這一時期的尚書省下麵的各部尚書大概有這樣幾個：
（1）吏部尚書。
吏部尚書是從東漢的選曹尚書轉化而來。它去掉了原任主管的祭祀之責，專管官吏選任、考核、升遷。自曹魏以來，吏部尚書一直處於各尚書首位，地位之高，權位之隆，有時甚至壓過尚書省長官。自兩晉以來，吏部長期為高門勢族把持。渡江以後，更是王、謝家族的掌中物。南朝謝覽，“三世居選部，當世以為榮。”（《梁書》卷15《謝覽傳》）雖然有時皇帝為了跟勢族抗衡，故意找寒族人士擔任，但往往不能長久。把持吏部是維持門閥政治的一個關鍵環節，所以，隻要門閥勢族的勢力尚大，就不可能放手。為了維護勢族高門壟斷高官的局麵，吏部尚書甚至可以公然對抗宰輔的旨意。東晉穆帝時，司馬昱為宰輔，想要任命兩個非勢族出身的人做不大的地方官，可是吏部尚書王彪之居然抗命，認為即使如此，他們也不配。（參見《晉書》卷76《王彪之傳》）渡江以來，曆代皇帝和宰輔均有意削弱吏部權力，但均以失敗告終，在門閥政治占主導社會背景下，吏部一枝獨秀的局麵是不可能改變的。
（2）度支尚書。
度支即國家的財政。自曹魏起，國家財政管理開始專門化，設度支尚書，分設主管國家收支、倉庫管理、戶籍管理、田賦管理以及貨幣和度量管理等曹（部門）。度支尚書掌管國家財政，屬於政府的“財神爺”，權力也很大。但由於事務較繁，而且管理的是世族人士所不樂計較的金錢，所以，不算世族所熱衷的清要崗位。
（3）祠部尚書。
這一時期，客曹與祠部往往混用。不過，這個部門主管的事務卻比較固定，掌管禮製和祭祀，兼管外國來客。北朝的祠部有時還負責管理國家工程和屯田事務。
（4）左民尚書。
左民尚書有時又稱右民，與駕部有混淆。左民尚書主管戶籍，與度支有權限的重疊，同時，左民還兼管“工事”，即一般性的宮苑維修，以及國家手工業。凡有大的宮苑修建，就另立起部，事畢則解散機構，事務歸左民。
（5）五兵尚書。
五兵尚書掌管軍事事務。軍官的升遷、考核，軍隊後勤事務等均屬之。所謂的五兵，即中兵、外兵、騎兵、別兵和都兵。
（6）都官尚書。
都官尚書是從東漢的三公與二千石曹演化而來，但有時還設三公尚書，與都官混置。都官主管刑獄，審理賊盜案件，所以人稱“賊曹”。
（7）殿中尚書。
殿中尚書主管宮中宿衛，管的是從前衛尉的事務，但衛尉之職並沒有因此而去掉，反映了過渡時期的製度特色。
（8）田曹尚書。
田曹尚書有時也稱屯田尚書，主管屯田事務。此部門在曹魏時非常重要，關係國家收支和兵源。但渡江後，屯田事務基本上沒有了，故而此部門被裁撤。
（9）起部尚書。
起部負責皇家的宮苑修建。屬於臨時機構，有事則設，無事則省。一般事務歸在左民尚書或者祠部尚書。
以上隻是一個概要的說明，實際的部門設置，職能分工都要複雜得多，南北各個朝代、國家都有許多具體的變化。總的來說，有比較確定分工的有吏部、度支、都官（後來演化為刑部）、五兵（後來演化為兵部）。這幾個部門也比較穩定，較少變動，而其他部門則處於分化演變之中。
第五節地方官製與行政區劃的演變
1．地方行政區的增加
魏晉南北朝是個分裂的時代，分裂時代往往地方行政區劃就比較混亂。比如同一個州，兩國甚至三國分據，往往每個國家都要設置這個州。但從中華一統的眼光看，等於是原來的一個州變成兩個甚至三個州。東漢全國共13州，三國時，魏設13州，吳設4州，蜀有2州，已經比原來多了5州。西晉統一，發展成為20州。渡江以後，南北各自設置行政區，北方的州郡紛紛以僑州僑郡的名義落戶南方，北方也不甘示弱。大家都在增加州郡，結果是州越來越多，到了南朝末年，陳朝的疆域最小，淮河流域與西蜀都丟掉了，但卻有州42個，而隋統一前夕，北
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