事的四種祭祀等繼續為王室直接服務的少數教徒外，其餘苯教教徒都必須離開吐蕃，苯教史上稱為“第一次法難”。直貢逝世後，苯教在吐蕃迎來了短暫的再次興盛，史稱“中弘期”。然而，另一種來自印度的宗教——佛教，隨著蓮花生大師被迎請到吐蕃而日漸繁盛。在赤鬆讚普時期，兩教舉行了經文辯論，苯教失敗，自此在鬥爭衝突中處於下風。8世紀初，讚普赤熱巴巾更是擁佛抑苯，許多苯教教徒被迫改宗佛教或遷出吐蕃腹地，史稱“第二次法難”。9世紀，苯教在經曆了達瑪讚普統治期間短暫的“後弘期”後，再次遭到打擊，世係五大喇嘛家族穆氏、辛氏、竹氏、芭氏和枚氏被迫流亡遷徙至後藏地區傳教，大部分苯教寺廟被改為藏傳佛教寺院，自此，再也無力在西藏的中心地區恢複往日的興盛局麵。
“按照傳統的藏傳佛教史記載，佛教第一次試圖傳入吐蕃是鬆讚幹布的高祖拉脫脫日年讚時期。但是，從苯教史料來看，佛教試圖傳入吐蕃的年代比這還要早得多。”才讓太教授告訴我們，根據苯教曆史文獻的零星記載，茨程堅讚的《雍仲苯教誌琦珠項飾》比較完整地描述了七赤天王中最末一位桑赤讚普時期，佛教曾經試圖北傳吐蕃的曆史事實：在佛祖釋迦牟尼時期未曾教化的魔王阿蒙曲波被驅逐到巨大的黑暗之中，因為他前世造孽和惡發邪願之因，來到古天竺邊境，身披人皮，手持金剛杵和法鈴，蠱惑人心，遊說雍仲苯教是謊言，故眾生應信佛。說他有成佛之法，如想成佛，必須拜他為師。然後將拜他為師的弟子們殺死並食之，將人皮和衣物藏匿於洞窟後說這些人已經成佛，遠離塵世而去，而神子丹巴多噶爾則被加持為苯教始祖辛饒米沃的化身，最終托生為釋迦牟尼，降服了阿蒙曲波。雖然這個故事已經因為藏傳佛教興盛後，一代代民間傳說的加工而變得麵目全非，但是故事的核心——桑赤讚普時期，佛教曾經試圖北傳吐蕃，但因遭到苯教徒的抵製而未能如願——卻是非常明顯的。
9世紀後，在佛教在西藏地區取得統治性地位的“後弘期”，隨著吐蕃王室對於佛教的尊崇和強力推行，許多苯教寺院被匆忙改為佛教崇拜，僧人也紛紛改宗。在普蘭縣，擁有20名僧眾的科迦寺是一所隸屬藏傳佛教薩迦派，擁有將近1100年的曆史的寺院。寺管會主任洛桑在2000年主持寺廟維修時，被拉薩請來的工匠告知，寺廟的實際建築空間麵積與測量麵積出入極大，一些牆壁的厚度異乎尋常。在僧侶和工匠的不懈探查後，終於在大殿二樓東麵發現了一條不為人知的封閉走廊，而在走廊的下麵一道曆史久遠的夾牆，裏麵隱藏著4尊坐北朝南的泥塑佛像。
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