總的來講，辛饒彌沃祖師分類的學科有五大明：即工巧明、聲明、醫方明、外明、內明。各大明的主要學科集於本教三部十萬頌中。
工巧明
首先，工巧明的三部十萬頌為：《大千輪回論》十萬頌，《氏族繁衍論》十萬頌，《世界成住滅空論》十萬頌。
祖師將其傳於匠王噶爾瑪李學；匠王所授六徒稱為宗門六飾；這六徒便是嫻熟技藝的藝王拉旺；擅長建造的舉楚旺秋，精通鑄造的勒禿巴桑；精於鍛造的神匠尤巴；擅長繪畫的神子白瑪；擅長書法的伊格楚瓊。此六人身懷絕技，自立門戶，同時出將工巧明推廣到世界各地。
聲明
聲明的三部十萬頌是：《神鬼之戰黑十萬頌》，《聲明和因明之辯論花十萬頌》，《淨界之神白十萬頌》，將其傳於愛徒瑪羅和玉羅。
聲明分聲明和音明兩學科，其中聲明學的《異語概論》記載了三百六十種不同的語言。講因明學方麵有《性相五部》及《因明七論》等論著，眾弟子將其傳播至各個地域。
醫方明
醫方明三部十萬頌是：《疾病黑十萬頌》，《除病診斷花十萬頌》，《全勝藥白十萬頌》，再加《根本心藍天十萬頌》，總稱其為藥之四部十萬頌，將其傳於吉布赤希及神通、言實、知言、通言、意幻、意出、意生、意成等八大仙人後（醫師），創立了理論體係及臨床診斷方法，使其發揚光大，至今仍保存完好。
外明
外明的三部十萬頌是：《萬物朵黑十萬頌》，《珍寶花十萬頌》，《經典白十萬頌》，將其傳於貢子和貢察楚布等人。所謂外明就是與外部器世界具有內在聯係外，從理論的角度看，根據上述三部十萬頌中出的木、火、土、金、水的五行，又有五大理論：大分土之續，大渡輪木之續，大明生火之續，全伏無邊金之續，大滅王水之續，從而創立了陰陽五行學說。其主要內容為科澤變幻鏡，八卦九宮，五行時輪，吉暇因緣
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