在四川省甘孜州新龍縣雄龍鄉瓦瓊寺保存了一套完整的手抄本，這個手抄本是西藏自治區那曲地方有一位霍爾王——仲那登巴送給瓦瓊寺伏藏法王鬆昂尼巴的。
公元1870年左右鬆昂尼巴把手抄本的《甘珠爾》請到新龍並保留至今。後來本教學者阿雍仁波切將其影印出版，顯宗六十三部，般若六十七部，密宗二十部，心宗七部。
後來本波密宗大師滿金拉色仁波切花了五年的時間，將全部經書逐頁修複，終於1998年將其重新編輯成一百七十八部。
甘珠爾的分類：
《甘珠爾》的目錄編製方法分類較多，但一般分為四類：
1、言圓滿之經部，總68卷63品。
2、廣大清淨之品部（般若部），總67卷67品。
3、深道密宗之續部，總18卷20品。
4、無上心品之庫藏部，總7卷7品。
丹珠爾
從辛饒彌沃的法子穆確鄧珠至今，象雄、印度、漢區、藏區、木雅等雍仲本教學者著寫辛饒彌沃遺訓釋疏的論文稱名《丹珠爾》。
《丹珠爾》也可以分顯宗、密宗、心宗與大圓滿，共有上千部。西藏那曲本教活佛丹巴尼瑪出於搶救藏族古代文獻的強烈責任感，經五年的辛勤收集，終於收集到三百八十部，於1999年出版了藏族曆史上第一部本教大藏經《丹珠爾》。丹巴尼瑪活佛沒有出版的本波教《丹珠爾》還有五百多部。
雍仲本波佛教《甘珠爾》和《丹珠爾》是青藏高原本土宗教的大藏經。遠在印度佛教傳入之前，它就產生於西藏，並成為當地民眾唯一信仰的宗教大藏經。它們包括藏地的文化習俗，心理素質、思維方式和行為規範，原始曆史、科學、天文學、藝術、生命學、醫術學、佛教學文等教理深奧。
漢譯工程
2013年7月20日，中國
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